与此同时，中央对土司的政策也在发生变化。其一，原来由土司把持，辖境自理的地区，逐渐由中央任命流官实行土流分治。如弘治四年(公元1491年
)在蒙自县添设流官知县掌印，土官知县专一管束夷民，巡捕盗贼。弘治十五年(公元1502年)巡抚都御史陈金请求在浪穹县12关增设流官，到弘治间近一半云南土官职任中设了流官，而且土流分职，流官掌印，土官只协同管事，极大地分割了土官权力。这说明原来管土管民的土官在逐渐丧失其独立性。其二，原来允许世袭的土官逐渐遭禁止。洪武十七年(公元1384年)云南布政司上书说：“所属大小土官有世袭者，有选用者。如景东府知府陶俄、阿迷州知州和宁则世袭者。云南府罗次县主簿赵和、姚安府普昌巡检季智则选用者。”据此可知，明初的土官分世袭、选用两种。到嘉靖七年(公元1528年)据大学士杨一清言：“云南各处土官夷兵人马众多，丽江景东之外，元江、邓川、北胜、姚安、鹤庆、宁州、罗次、亦佐、蒙化、姚州之类……中间多系不得承袭之人……”可见到明后期，澜沧江以内能拥有世袭权的土官，主要是些像丽江土府木氏那样为朝廷助饷立功之人。这说明曾作为土官与流官相区别的重要特征世袭，也在逐渐消失。在这样的情况下，土司制度的继续存在，不仅对国家集权的强化、经济的进一步发展产生阻碍，一些土官土司出于各种目的禁止子民读书识字，对汉文化产生强烈抵制情绪，也会成为汉文化在云南继续发展的桎梏，因而一旦土司制度成为社会发展的羁绊，一旦条件具备，改土归流就势在必行。明代云南的改土归流就是在这些逐渐丧失其特征的土官地区，先易后难，逐渐展开的。
正统八年(公元1443年)由鹤庆军民府白族土府高伦族中发生争袭之事，中央以其“各支子孙俱系为恶不良之人，别无堪举亲”为由，宣布将高氏领地内的“户下人口收籍当差，止令流官管事”，任命四川泸州知州林遒节为鹤庆军民府知府，拉开了明代云南改土归流的序幕。鹤庆府的改土归流能顺利完成，与当地学校近百年的教育密不可分。鹤庆府早在元代已建校，明初进行恢复扩建，在明代云南乡试中共有134人中举，可见其汉文化水平在云南各府州中还是较高的。有了这种文化积淀为前提，鹤庆府的改流不过是水到渠成，瓜熟蒂落。从成化十二年(公元1476年)到十九年(公元1483年)，明中央在阿迷、路南、寻甸、广西、北胜诸府州进行改流。弘治六年(公元1493年)到弘治十六年(公元1503年)又完成了对蒙自、维摩、师宗、弥勒、马龙、陆良、元谋等地的改土归流。
从分封土司到改土归流，这是一场云南政治文化的深刻变革，在这场变革中，汉文化不仅是作为改土归流得以实现的重要推动力而出现，它也是改流顺利完成的润滑剂，尤其是改土归流毕竟是一次较为复杂的社会变革，其打击面之广、触动的利益之深是前所未有的，势必会遭到一些土官的强烈抵抗。嘉靖四年(公元1525年)芒部陇氏内部由争袭而互相残杀，事发骚动两省，明军大兵平定芒部，斩首634级，第二年芒部改为镇雄府，命重庆通判陈洸为知府。然而时隔不到一年，有芒部沙保攻陷镇雄府城，执知府夺取府印，杀伤数十人，明军又进行了几年的征讨，嘉靖九年(公元1530年)中央不得不作出革除流官知府，复授芒部土裔为通判的决定，芒部改流经几年的折腾以流产而告终。镇雄改流的失败，尽管有多方面的因素，但稍作研究我们就会发现，镇雄基本上是在元明以来还未设学，几乎未进行儒学教化的地区。镇雄在改流完成后才于隆庆五年(公元1517年)设学兴教。缺乏汉文化儒学教育的渐进过渡，要一下子建立起流官统治，当然显得更为艰巨与痛苦，付出的代价只会更大。鹤庆府改流的平稳过渡和镇雄府改流的流产，这种鲜明的对比无疑在告诉我们，汉文化因子在改土归流中始终起着一种潜移默化的作用，它为改土归流铺平了道路，为改流的顺利进行提供了必要的文化条件。随着改流的展开和逐步深化，汉民族一统的政治文化完成了对滇云“以夷治夷”的传统政治文化的改造，流官制的确立，成为汉民族一统政治文化在云南最终确立的标志，因而明代对澜沧江以内地区改土归流的最终完成，代表了汉族一统政治文化在滇云发展的最高成就。
其二，滇云汉文化“礼制”的健全。“礼”本意指祭神的器物和仪式，早在周代，便已产生“规范”、“礼治”的引申义。汉儒在先秦儒家学说的基础上，对“礼”文化理论进行了更深入的开拓，对礼的定义作了更明晰的规范。“夫礼者，所以定亲疏，决嫌疑，别同异，明是非也。”礼，是判定社会成员一切言行是否适宜的统一尺度，每一个社会成员都必须自觉地熟悉它的内容，接受它的制约。在汉儒眼中，孔子所赞美的“中庸”，所追求的为人处事，不偏于极端，以达到不偏不倚、无过不及的“中和”之道是伦理道德的最高境界。孔子“非礼勿视、非礼勿听、非礼勿言，非礼勿动”的人生信条被具体化为从治国理家、求学问道一直到婚丧嫁娶、衣食住行等日常生活方方面面的精细守则。汉儒将这些规范归纳为六礼、七教、八政，六礼是冠、婚、丧、祭、乡、相见。七教是父子、兄弟、夫妇、君臣、长幼、朋友、宾客。八政为饮食、衣服、事为、异别、度、量、数、制。六礼涉及社会典仪，七教涉及人伦关系，八政涉及生活制式。“礼”将这一切囊括无余，社会所有成员的行为都从这里找到依据和评价。这些细致入微，流于繁琐的人生守则，约束了社会成员的欲望追求、情感宣泄、意志表达的快捷方式，铸造了汉民族温、良、恭、俭、让的整体精神风貌。这种笼天地、纳人神、齐万物的礼制，推行到民间，便成为社会的礼仪习尚与民风世俗。
起于民间的朱元璋，创立大明王朝，恢复汉族正统之后，为了消除蒙古的异族影响，巩固朱氏的万世统治地位，自拟于汉唐后续者，继承中国历代封建统治者的传统治国思想，将“礼”作为教化治理天下与统治人们的有效手段。他说“礼者，国之防范人道之纲纪，朝廷所当现务，不可一日无也”。并认为“时于先王之道，酣溺胡虏之俗，制度疏阔，礼乐无闻”是元朝灭亡的原因之一。历代统治者之所以奉行所谓“教训正俗，非礼不备”的准则和规范，其根本原因就在于社会风尚的变迁与礼制的盛衰两者之间，有着极为密切的关联。且粗识四书六艺的朱元璋还力图恢复这种传统的社会模式。所以在开国初期，他就强调指出“古者帝王之治天下，必定礼制，以辨贵贱、明等威。是以汉高初兴，即有衣锦绮谷、操兵乘马之禁，历代皆然。近世风俗相承，流于僭侈，闾里之民，服食居处与公卿无异，而奴仆贱隶侈于乡曲。贵贱无等，僭礼败度，此元之失败也”。把生活方式的贵贱差别，看成国家兴亡的大事，因而为了建立“贵贱之别、望而知之”的有序、有制、有度、有数的等级社会，他制定了严格的礼法等级制度，企图人为地控制社会生活及风俗的发展演变。社会成员无论贫富、举凡衣食住行、婚嫁丧祭、文化娱乐、宗教信仰，都要依照等级身份，按礼行事。十里不同风，百里不同俗，云南地处极边，从司马迁《史记》中的椎髻、随畜迁徙、无邑聚，到樊绰《云南志》中的乌蛮“男女悉披牛羊皮”，“见人无跪拜之礼”，反映出在其传统的少数民族社会风习中历来存在着与汉礼迥异的风格，在服饰、饮食、婚丧、年节中显示出别样的地域、民族特征。及至这些世居内地，一代又一代在汉文化礼制浸润中成长起来的汉族移民徙滇，“礼”的意识、“礼”的行为仍在他们中传承和发展，并最终用汉礼的标准在滇云建构起一整套“礼”的伦理规范，“礼”的制度。
主要表现在以下几方面：
第一，滇云少数民族伦理思想、道德观念日益健全，对不同的阶层，不同的民族产生不同的影响。一些乡贤儒子把为自己已熟知的儒家伦理道德思想写进乡规民约，来对本乡本村之民进行约束，让他们循规蹈矩，不越礼制。有的少数民族甚至著书立说，对儒家礼制大加阐发，这方面的成就以邓川白族学者艾自新、艾自修兄弟为最。艾氏兄弟生活在明嘉靖万历年间，自幼攻读儒书，“以孔子为师，以颜、曾、思、孟为友”，兄弟俩都有家庭道德教育的著述传世。艾自新有《希圣录》、《教家录》，艾自修有《励志十条》、《家范四则》等，今存《艾云苍语录》和《艾雪苍语录》各一卷，清末明初编为《二艾遗书》。这些著作是他们伦理思想的集中反映。他们认为为人最要紧的是要有高尚的道德，一个人文章不如他人，科甲考试不如他人，这不算最要紧，最怕的是自己的品行不如圣贤。他们对自己的道德修养要求严格，“婴年读书，便要学做圣人，如读一句，即究一章，归宿验诸自家身上，并悟千箱万轴总归这一句，即以千古道统自任”。在二艾看来，要学做圣人，就要做到“必求忠以报主，仁以牧民，礼以下贤，公以奉上，正以驭下，廉以持己，勤以立政，明以折狱，饮以恤刑，威以助强，慈以扶弱，严以正俗，俭以化奢，捐俸以偿民之赎、助士之贫、周族之乏、酬师友之恩谊”。不仅要恪守忠君爱民的信条，也包容了用儒家信条来律己。同时还要孝父母、爱妻子、亲兄弟。他们认为“孝为百行之原，论孝道而友悌忠信俱在其中”。对父母事必禀命，“坐必起，行必让”，做子女的要“尽服劳奉养之道”，使父母老有所养，与汉文化中敬老之美德出于一辙。此外，在为人处世方面则要以礼义待人。待人要注意容貌、衣着、体态，不可轻慢，基本上是要做到“非礼勿动”、“非礼勿言”。并认为“居家宜简，待客宜丰”是必须做到的美德。“宽和”待人也是处世待人的严格重要原则，“人之善不可没，人之恶不可扬，人之恩不可忘，人之怨不可结，人之祸不可幸”，把孔子“己欲立而立人，己欲达而达人”的观点同白族人民善良宽厚的心理完美地结合起来。总之，艾氏兄弟把本民族的传统道德同儒家礼制理论结合，建立起自己一整套伦理道德思想，浸润着儒家文化的精华。
