据一些学者的研究，自洪武二十六年到万历六年的185年中，全国各地的人口滋繁并不大，甚至半数地区的人口出现负增长，其中浙江、江西都减少了百分之三十到五十，湖广、福建也有所减少，独有云南人口从
259270增加到1476692，突兀地陡增了近5倍，可谓“繁滋独多”，从洪武二十六年到弘治四年云南人口增长率都在2912%
〖ZW(〗陈国生：《明代云贵川农业地理研究》，西南师范大学出版社1996年版。〖ZW)〗，增长的原因除自然繁殖外，与大量外省汉族移民的迁入不无关系，此外同云南少数民族的汉化而编丁入籍也相关。在今天云南的许多汉族，往往有祖籍南京的说法。“南京应天府，大坝柳树湾，争口米汤吃，充军到云南。”类似这样的话，是许多云南人述及家世时都会脱口而出的。甚至还有一些少数民族，也有此种说法，如南甸土司世系称其先刀贡勐者，本汉人，姓龚，原籍南京应天府上元县人。这种把南京视为祖籍共同所在地的观念，并不是一个简单的现象，或许它能折射出一些史影。明初平滇的30万大军，以傅、蓝、沐为统帅，都是随朱元璋一道南征北战的士卒，朱元璋从安徽起家，很快向江苏发展，当时的濠州、滁州以及南京，一直是红巾军活动的主战场，安徽、江苏的流民士卒应当是这支军队的主力，其中当然也包括南京籍士卒。及至平滇后留守云南，必然有一些南京籍士卒留在云南，光绪《永昌府志》说：“明初迁江南人入居此地，故其习尚与江宁相仿佛，是以俗号小南京也。”《通海备征志·风俗志》也说：“人民大半原为军籍，明初从沐英南征留滇，皆大江南北子弟。”说明确实有一些汉族移民的祖籍在南京，因而云南人中这种祖籍南京的说法也是有一定历史根据的。只不过，这些人数被民间说法夸大了。民国《姚安县志》卷三十六《人物志·氏族》载有223个大姓，其中除3个大氏族籍贯不明外，其余220支氏族中有146支在明代迁入云南，占73%，而其中明初洪武、建文、永乐迁入的就有75支，占明代汉族移民的51%。在保山明代流寓迁入的11家中，可考洪武迁入的有8家
〖ZW(〗蓝勇：《明清时期云贵汉族移民的时间和地理特征》，西南师范大学学报1996年第2期。〖ZW)〗，占的比例很高。洪武一朝，南京是王朝的首都，皇帝之所在，为全民所敬仰的地方。人数众多的洪武移民对它更有着别样的感情，而且，国畿与云南是两个能产生强烈对比的地方，开化与封闭，发达与落后，富庶与贫穷，优与劣的对比使许多人自然就选择了南京，以之作为故乡写进家谱和传诵子孙都是很荣耀的事，因而对南京的向往成为云南人解不开的情结，一辈一辈地缠绕下来，积淀为一种民俗景观。云南人的南京说，又为明代云南的汉族移民找到了民俗学的解释，而少数民族对南京的认同，则又包含着更深的文化寓意。
云南汉族人口的移民特征，从遗传学上也得到了一些相应的解释。杜若甫、肖春杰两学者根据人体细胞中的基因有代代相传的稳定性特征
〖ZW(〗《从遗传学探讨中华民族的源与流》，《中国社会科学》1997年第4期。〖ZW)〗，依据从全国二十余个省、市、自治区、直辖市的一些汉族和少数民族基因座上得到的基因频率数据，分析他们的遗传距离和遗传聚类，认为全国的汉族以长江为界分南北两大支，云南汉族同长江以南各省区的汉族一道，属于南方汉族。自宋明以来，随着中国经济重心的南移，汉民族大规模人口迁移中心也从汉唐时的秦陇地区向宋明时的长江流域转移，明代迁入云南的汉族人口主要是长江以南地区的汉族，因而云南汉族人口的基因同南方汉族更接近。云南的地理位置尽管处各省区的最南端，但在汉族基因聚落分布中，云南汉族却处于南方汉族的最北端，接近南北汉族的分界线，且与浙江、湖北、四川、江西汉族类聚到了一起，说明云南汉族与上海、台湾等地的汉族一样，来自祖国的四面八方；与湖北、浙江、四川、江西的遗传距离很短，说明与这几省的汉族有着更为密切的遗传关系。这又与史书中所载的明代滇黔“无论通衢僻村，必有江西人开张店铺，或往来贸易”，“云南全省抚人居什五六……非江右商贾侨居之，则不成其为地”，现代的科学测定与史籍的记载竟然如此地不谋而合。
明代迁入云南的第二类汉族民户就是商贩。卫所的设立，流官府州县的设置，以及驿道的开通，为邻省商贩入滇贸易提供了安全和方便。明初为了保证军事行动上的后勤供应，实行“开中”之法，“募盐商于各边开中”，实行商屯。早在1382年明军进入昆明之际，朱元璋就因“兵食不继”命户部令商人往云南中纳盐粮以给之，“募商于云南之普洱、普定、乌撒等处纳米给盐”。据记载，云南昆明、昭通、曲靖、普安、玉溪、楚雄、大理、德宏等地，先后都有商屯出现，及至永乐时其他地区的“开中”被停止，云南的金齿卫和楚雄府等地仍“开中”如故。在这些盐商中，除了少部分的本地地主商人外，更多的是客商。云南从事商屯的时间很长，人数当不少，只是史籍中没有留下这方面的记载。当时的入滇客商主要分布在交通干道沿滇东、滇中坝区、城镇，而部分分布在云南矿藏丰富的厂区，而且入滇客商在行业上还有籍贯之分，如据《昆明县志·物产志》记载，当时昆明“城凡大商贾，多江南、湖广客；其领当贴设质库者，山右人居其大半”。据刘昆《南中杂说》载，清初江西一省在云南经商的人便有“数十万人”，云南过去有句话说“做买卖的都是老表，巧手匠的都是老广”，这种行业传统是经历了相当长时期，经若干代的传承才形成的，毫无疑问，明代入滇的移民商人为这种传统的形成打下了基础。云南地处南方，天遥地远，瘴疠横生，猛兽出没，历来被中原人士视为一去即不复返之地，也成了罪犯充军发配和官员谪戍的理想之区，洪武十年(公元1382年)命天下卫所，“凡逃军既获者，谪戍云南”。这些罪犯或由于各种原因而被发配充军到云南来的汉族，构成了明代云南汉族民户中的第三个层次。
入滇的仕宦阶层和谪戍官员，构成了明代汉族移民中民户的第四个层次。明代治理云南，依靠的是一整套行政管理机构和庞大的官僚群体。明续乾元，在行政机构上加以改造。改省为承宣布政使司，罢平章左右丞诸员，而改参知政事为布政使，总揽一省行政；又设置按察使司，以掌刑名按刻之事，派副使往各府州县分道巡察；设都指挥使司统辖卫所，司一省军政，管理各卫所军队的操练和屯田。三司职权不同，共同处理一省大事。明制中央都察院还派出都御史、副都御史、佥都御史等，到各省巡抚，位在三司之上。有了机构，还要相应地设立职官。据天启《滇志·建设志》所载，有明一代，在云南所设秩官，主要如下：就云南布政司来说，设镇守总兵官一人，巡抚都御史一，巡按监察御史一，以及左布政使一，右布政使一，左右参政三，左右参议二。其中右布政使，管清军道，参政、参议则分守安普、盐法、临元、金沧、洱海诸道。还有经历司经历一，都事一。照磨所照磨一，检校一。理文所理文一，案牍一。司狱司司狱一，济用库大使一，副使一。就提刑按察司系统说，设按察使一，副使七，佥事四，副使、佥事俱分理清军、水利、督学、临元、金腾兵备、澜沧兵备更道。还有经历司经历一，知事一。照磨所照磨一，检校一。司狱司司狱一。就都指挥使司系统说，据天启《滇志·兵食志》载，所设都指挥使一，都指挥同知一，都指挥佥事一。经历司经历一，都事一。断事司断事一，吏目一。司狱司司狱一。分守临元参将一。分守永腾参将一。武寻参将一。巡抚标下中军官一，旗鼓官一。总兵标下中军官一，旗鼓官一。兵巡安普道中军官一。临安兵备道中军官一。曲靖兵备道中军官一。金腾兵备道中军官一。澜沧兵备道中军官一。沾益守备一，洱海守备一，顺蒙守备一，姚关守备一，蛮哈守备一，陇把守备一，荞甸守备一，倘甸守备一。这已经是一个人数相当庞大的官僚机构了，但这仅是三司机构。布政司之下还有府州县，也有相应的秩官，以云南府为例，设知府一，同知一，通判二，推官一。经历司经历一，知事一。照磨所照磨一，检校一。司狱司司狱一。儒学教授一，训导一。课税司大使一，广备仓大使一。滇阳驿驿丞一，板桥驿驿丞一。阴阳学正术一，医学正科一。僧纲司都纲一，副都纲一。道纪司都纪一，提点一。阿吒力僧纲司正都纲一，副都纲一。大大小小的官职达24人，而云南府直辖昆明、富民、宜良、罗次4县，下辖晋宁、安宁、昆阳、嵩明4州，各州分辖1～2县，每州县至少相应设知州、州同知、吏目，知县、典史以及州县儒学学正、训导、教谕诸职。云南布政司辖全省府22、州42、县30，又需要设多少官秩，这确实难以数计。
总之，明代三司建立的是一个庞大的官僚机构，有了官职，就需要有官员来任其职，因而它需要有庞大的官僚群体与之相适应，特别是在云南渐趋安定后，文治得到更多的重视和加强，对人才的需求达到了前所未有的程度，可谓“万里投宦，难得于人”。自元代以来开始在云南兴教化，开科举，培养有用人才。然十年树木，百年树人，到明初新政府建立，云南人士有才能，能有用于政府者寥寥，因而当时的行省官吏都从内地选拔调遣。一部天启《滇志·官师志》以宏篇巨制洋洋洒洒地记录了有明一代3210位宦滇官员的政绩以及45位谪居流寓云南官员的寓迹，据记载，从洪武到天启二百余年的历史中，曾经有59人出任过云南巡抚，有137人出任巡按，有448人出任过云南布政使司中的左右布政使、左右参政、左右参议等职，有329人出任过按察使和按察副使及佥事，有196人出任过云南都指挥使司中的都指挥使、都指挥同知、都指挥佥事等职。见于题名的还有2041人担任过云南各府州县的知府、知州、同知、通判、推官等地方官职。这些能见于记载的基本都是有一定的官阶，至少都是七品以上的官员，而职卑位微的官员当还不计其数。在这些宦滇官员中既有像总兵官沐氏、颍国公傅友德、武定侯郭英王弼、景川侯曹震、靖远伯王骥那样的勋业名贤；有像王祎、吴云、李思聪、钱古训、张洪那样的使命名贤；也有像汝南侯梅思祖、左布政陈迪那样的治行名贤；当然还有诸如王恕、何孟春、王启、陈用宾等对云南历史发展贡献甚大的巡抚、巡按等诸官吏。而在谪迁流寓云南的官员中，有像大学士王景常、修撰杨慎以及韩宜可那样博学宏才、诗文高右的翰墨之士，也有像武功伯徐有贞那样的武功高强之人。他们来自内地的山西、山东、南京、浙江、福建、河南、河北、湖北等十余个省，涉及大半个中国。总之，这三千余人的移民官僚群体，有着较高的文化层次，他们是受儒家传统教育成长起来的封建文人官僚士大夫，尤其在儒家思想在云南的传播流徙过程中，扮演了关键性的角色，因而他们在明代各类移民中的地位和作用是不可忽视的。
