土司制度是在统一多民族国家内，根据当地社会经济结构和民族特点而建立的有较大自治权的地方行政体制。土司制度在历史上对统一多民族国家的发展与巩固起过重大的促进作用：有利于加强中央王朝对边疆民族地区的统治，稳定边疆的社会，促
进国家的统一；有利于推动边疆各民族与中原政治、经济、文化诸方面的交流，有利于边疆经济的发展与文化的提升；促进了各民族的相互交流、相互了解、相互融合。
土司制度虽在历史上起过有益的作用，但是土司制度本身也有不少的流弊。在土司制度下，土司世官其土，世有其民，对所属人民有生杀掠夺的权力，“主仆之分，百世不移”。当时不少有识之士指出土司制度的不合理性。刘彬在《永昌土司记》中说：“彼之官世官也，彼之民世民也。田产子女，唯其所欲，苦乐安危，唯其所主。草菅人命若儿戏，莫敢有咨嗟叹息于其侧者!”[13]土司对其管辖下的人民横征暴敛，任意苛索，“一年四小派，三年一大派。小派记钱，大派计两。土司一取子妇，则土民三年不敢婚。”[14]土司贪纵淫虐，人民生活艰难。阻碍了社会经济的发展。土司之间、土司内部时常争斗，相互抢劫村寨、滥杀无辜及其无休止的械斗，不仅使人民遭殃，也影响边疆的稳定。土司拥有自己的武装，他们利用自己的兵丁镇压当地人民，抗命朝廷。因此，土司叛乱不绝于史，明代云南土司的叛乱，不仅次数多，而且规模大，麓川土司的叛乱兴兵数万至十数万，明王朝三征麓川，耗费了大量人力物力兵力，致使明王朝为之疲惫。土司辖区是一个一个的“独立王国”，土司制度的长期存在，不利于国家的统一。随着历史的发展，土司制度的落后性与弊端日益突出，废除土司制度已成为历史发展的必然。
土司制度在元代末期已露出弊端，所以，明王朝在平定云南之始就注意到云南民族特点，在广大少数民族地区实行土司制度，并使之日趋完善。同时在一些条件成熟的地方废除土司，以流官取代土官，实行改土归流。
洪武十五年(公元1382年)，明军在克复曲靖、昆明、楚雄等地后，兵临大理，大理总管段信苴世致书明将军领傅友德，要求依唐宋故事，奉中国正朔，定朝贡，以为外藩，像元朝一样成为相对独立的政区，岁贡天朝，俾守旧土。但是明军拒绝了段世的要求与恫吓，乘胜进军，消灭大理段氏政权，取消大理段氏的总管地位和“土司特权”，在大理地区设置流官。这可以说是明王朝在云南改土归流的先声。
有明一代，利用各种机会，在云南改土设流。一是因土司绝嗣无人承袭而设流，但这种情况不多。二是以没有世袭文书号纸为理由，将其发落为民，改设流官。三是有的土司“自请”改土归流，设官建制。四是对不听政令、不服管理的土司实行强制改土归流。隆庆初年，武定凤氏土司屡次叛乱，讨平之后，改设武定流官知府。万历二十五年(公元1597年)，顺宁(凤庆)土知府猛廷瑞作乱，平定后，将顺宁改设流官知府。万历四十二年(公元1614年)，云龙土知州段进忠杀土官段嘉龙，在将其处死后改云龙土知州为流官知州。
明代还在一些地区实行“土流兼治”、“府卫参设”的措施，以削弱、控制土官势力。
到明代中后期，云南(今昆明)、曲靖、溦江、临安(建水)、大理、武定、永昌(保山)、顺宁八府全部设置流官。楚雄、姚安、广南三府以流官任知府，以土官为辅任同知、通判。寻甸、广西(师宗等地)、元江、景东、蒙化、鹤庆、丽江、永宁、乌蒙(昭通)、东川、芒部等府以土官为主，流官为辅。边远地区则设宣慰司、宣抚司、招讨司、长官司等，由土官管理。
有目的、有计划的大规模改土归流主要在清代雍正时期展开的。主持西南改土归流的是云贵总督鄂尔泰。鄂尔泰认为在土司制度下，汉民被土司摧残，少数民族受其荼毒，这是西南边疆的最大祸害与隐患，必须尽早尽快解决。只有将横暴桀骜的土司渐次擒拿，在其地区逐渐改设流官，才是治本的办法。否则临事治标，不能解决西南边疆的稳定与安宁。鄂尔泰在用“议抚”的办法改土归流收效甚微的情况下，向清廷提出要在西南地区大刀阔斧地开展改土归流。他认为，改流的办法，计擒为上策，兵剿次之；令其自首投献为上策，勒令投献次之。投献者，只收其田赋，稽查其户口。土司本人授予职衔冠带，保证其家庭老小的赡养。主办人要殚竭心力，勤奋不懈，实心实意，一往无前地去办。这个建议得到雍正的赞赏和支持。雍正四年(1726年)，鄂尔泰在西南开始大规模的改土归流，重点在云南。
改土归流主要以政治手段即以招抚为主，在一些地区也通过武力强制实行改土归流。鄂尔泰在云南大张旗鼓地开展改土归流时，大规模用武力强行改土归流的有三次：一次是雍正五年(公元1727年)在镇沅，一次是雍正六年(公元1278年)在橄榄坝，一次是雍正八年(公元1730年)在乌蒙、东川、镇雄。这三次较大规模的武力征讨，对于彻底铲除土司恶势力，保证改土归流的开展、巩固改土归流的成果是必要的。
经过雍正改土归流后，云南境内的土司尚有宣慰使司一个：车里(西双版纳)；宣抚使司五个：耿马、陇川、干崖(盈江)、南甸(梁河)、孟连；副宣抚使司二个：遮放、盏达；安抚使司三个：潞江、芒市、孟卯(瑞丽)；副长官司三个：楼纳、亏容、十二关；土知府四：蒙化、景东、孟定、永宁；土知州四：富州、湾甸、镇康、北胜。大多数一直延续到20世纪50年代。
改土归流后，云南增设四府(普洱府、昭通府、镇雄府、东川府)、四同知(威远同知、姚安同知、普洱同知、镇雄同知)、通判二(镇雄通判、普洱通判)；三州(邓川州、阿迷州、镇雄州)；一州判(镇雄通判)；四县(鲁甸县、永善县、会泽县、恩安县)。
改土归流后，清政府在原土司领地分别设置府、州、厅、县，委派有任期、非世袭的流官进行直接统治，实行和内地一样的各项制度，设立保甲、编制户口、丈量土地、厘定租税，清查钱粮、建立学校、推广儒学等。促进了西南地区社会经济的发展和文化教育的进步，大大加强了清王朝在云南统治，使云南边疆与内地在政体上统一，稳定边疆，巩固国防，进一步巩固了多民族国家的统一。
