土司制度到清代进一步完善。
清代，不仅土司总数和职衔比明代多，制度也远比明代完备。
清代沿袭明代土司制度而
有改进。第一，把指挥使司列入土司。第二，始设土弁，以绿营弁衔授予归附或立功的民族酋长。第三，土司职衔有文武之分，文职隶属吏部，武职隶属兵部。第四，将向来不管辖地方村寨的土司，将原袭职衔改授不同品级的土官，不再称通判、推官、县丞、主簿、巡检等，如有印信，把印信送礼部销毁，这样就出现一些不管理村寨的空头土司。第五，为安抚土司，赏给土司虚衔、官品顶戴、名号等。
清代加强对土司的管理，并实行限制。第一，限制疆界，缩小土司管理的范围，不准土司擅自购买土地以扩大势力。第二，限制权力，明代已实行土流双重治理的体制，不过明代派驻土司地区的流官作用不大。清代派驻土司地区的流官不仅有职而且有权，土官要受流官的节制。在有的土司地域还派驻军队，这样就使土司割据一方、自王其地得局面有所改变。第三，用分袭之法，削弱土司力量，即将土司领地分给诸子，以分离其势力，涣散其心。第四，不准土司随意外出，以防止各土司私下串通。
土司的承袭。确定承袭人的宗支嫡庶次序；规定预定袭嗣办法；规定承袭年龄为15岁以上，如承袭人不满15岁，由督抚题名注册，将土司印信、事务暂由本族土舍或其母亲护理，待满15岁方可承袭。承袭的手续，开初要亲身赴部，由部核明，方准承袭；后来取消亲身赴部，但手续依然严格，要由省掌印验明起文，需将该土官的顶辈宗图、土司亲供、取具地方并邻封土司印甘各结，原来的敕印和号纸等详报督抚，由督抚具题请袭。经部核对无异，题明准袭后，将袭替职衔、年月、顶辈各项填入号纸发给，方为正式承袭。号纸是土司的身份证明书，是土司袭替的根据。
土司的义务。各地土司作为朝廷的命官，要为国家“世守地方，保境安民”。这是土司的主要职责和义务。土司还必须缴纳贡赋和提供征调。清朝廷有鉴于明代贡赋的弊病，规定各地土司纳贡，全部定为三年一次；免贡实物，将各种贡品折成银钱。折价不算高，较明代、上贡的负担稍轻且简便。纳赋是土司的又一项义务。土司地区不丈量土地，也不编丁，赋役大多是自报认纳，一般说来，较之流官统治区的丁粮轻。清代各地土司纳赋最多的，要算云南车里宣慰司，每年纳米1084石[12]。
土司的奖惩。与明代一样，清朝廷对于忠于职守、缴纳钱粮、擒剿盗贼、立有军功的土司给予奖赏。对土司有罪、犯法也给予惩罚，但比流官轻。
土司的教育。以文教为先，在土司地区开展儒学教育。第一，提倡、甚至强制土司弟子入学习礼；第二，设立义学、社学、书院；第三，设立土府学、土州学、土县学，并规定贡生名额；第四，开科举之门，提倡读书应举。
从明清两代的土司制度，可以归纳出土司制度的基本特点：
1.以民族分布的区域，以民族首领统辖的范围，为土司的境界，大者为州，小者为县。
2.以当地民族的首领(酋长)为官员。分为文职(土知府、土知州、土知县等)和武职(宣慰使、宣抚使、安抚使、指挥使等)，名目上虽有文武之分，实际上并无严格界限。
3.土司必须得到朝廷的认可与任命。土司任命有一套比较完整的制度，包括颁赐诰敕、印章、虎符、冠带、符牌等。有对土司的考核、升迁、惩罚的制度。土司土官可以世袭，但承袭必须得到朝廷的批准，办理一整套手续。
4.不改变当地的生产关系、政治制度、统治方式和民间习俗。
5.土司在其管辖范围拥有土地和人民，“食其土，领其民”，有至高无上的权力，在政治、经济、社会、文化诸方面有自治权。
6.国家不直接向当地人民征收赋税，而由土司向朝廷岁纳贡赋，呈进方物土产。
7.土司可以拥有军队，但只能在土司辖区内保境安民，外出则必须受政府调遣。
8.土司的职责与义务是：安民、守土、保境、朝贡、纳赋、征调。
9.土司内部有自成体系的行政制度与经济体制。
