清代的书院，最显著的变化就是书院与官学归为一途，或者说书院已经日益官学化了。首先，书院在体制上已成为官学的一部分，实际上是官学授课的场所。因此，省城书院的山长由朝廷任命，而各府、州、县的书院山长由地方官选聘。例如：乾隆三十年(1765年)即命云南五华书院讲席张甄陶为贵山
书院山长。这种变化，在《刘诏
建修湘川书院记》中说得再明白不过了，它说：“学校以官为师，即寓法于教。书院之设于官者，则官为择师，专主于教，其即古者党庠术序之遗而变通之欤。”其次，书院既然“以吏为师”，自由讲学之风每况日下，月课以八股文为主，平日功课朱子《四书集注》、《五经精义》为主，背诵经文，听师讲解，每课作文一篇、诗一首，并把考试作为一项重要教学内容，考卷送官府审阅，除山长外，地方官吏还亲临授课，称为“官课”。其三，书院经费或由官府拨给或由官员出面募捐，购置田产，收租办学，主要开支有山长的“束修”(即讲课的酬金)和学生的“膏火”(即生活补贴)，有些书院还设立“笔资”、“花红钱”作为奖学金。不过，到了清末，由于维新思想影响，又由于“西学东渐”的缘故，书院纷纷变革旧制，在贵州，最突出的就是学古书院变为经世学堂，其次是笔山书院的改变。
名冠全省的书院，是省城的贵山、正习、正本，合称“贵阳三书院”。三书院之所以有名，是因为官府重视，经费充裕，师资中多有博学之士。贵山书院的前身为阳明书院，在巡抚署侧，雍正十三年(1735年)巡抚元展成改建并更名，藏书千余卷，山长由朝廷任免，饱学之士多在此讲学。例如：贵州名士陈法(晚号定斋)，康熙五十二年(1713年)进士，官至直隶大名道尹，著有《易笺》、《明辩录》、《醒心集》、《敬和堂文集》、《内心斋诗稿》，还著有水利专著《河干问答》，罢官后发回原籍，主讲贵山书院二十余年。又贵筑县人包祚永(成美)，雍正五年(1727年进士)，官至广东道监察御史，辞官后为贵山书院山长，“励诸生以纯朴之学”。
正习书院始建于嘉庆五年(1800年)，因院址在城南而称南书院，光绪中更名学古书院，意在崇尚古制。光绪二十三年(1897年)，严修任贵州提督学正，传播维新思想，选拔各府州高材生40名入学古书院，以新法改革教学，强调“经世致用”，时人谓之“经世学堂”，与湖南的时务学堂同为国内最早的新学之一。它一本“中学为体，西学为用”的方针，课程以经史为主，兼习算学、时务、英文、格致(理化)，引导学生关心时事，注重科学，山长雷廷珍(玉峰)主讲经学，严修自任算学讲席，培育了许多俊杰之士，如贵州自治学社社长钟昌祚，数学家彭述文、教育家周恭寿、实业家乐嘉藻、逻辑学家王廷直、文化名人姚华等。其后，礼部尚书李端荣因保举康有为、梁启超、谭嗣同获罪，流放后发回原籍，受聘主讲经世学堂，讲授孟德斯鸠的“三权鼎立论”、达尔文的“进化论”、赫胥黎的“天演论”，传播西方学术思想，时人耳目为之一新。
正本书院亦建于嘉庆五年，因院址在城北而称北书院，于光绪二十九年(1903年)率先改为贵阳府中学堂[1]。
在遵义府亦有培英、启秀、湘川三书院，以湘川书院最具特色。湘川书院建于乾隆五十一年(1787年)。嘉庆中，莫俦任遵义府儒学教授，前后达19年，极力振兴教育，主讲湘川书院，并创立“汉三贤祠”，以乡贤舍人、盛览、尹珍为楷模激励学生。他倡导朴学最力，以阎若璩的“六经宗许郑，百行法程朱”为准绳，将汉代经学与宋明理学熔为一炉。他的教育方针是：“学莫先于正趋向”，他说：“趋向之正不正，视乎义理之明不明”，又主张“读书当求实用”，认为“言言而求诸身，事事而思其用，则读一卷自有一卷之益”。在他主讲湘川书院期间，学子蚁聚，求学者盈门，学舍不足，僦居城市之半，造就了一批博学鸿儒，著名的如经学大师郑珍、目录版本学家莫友芝、易学家萧光远、训沽学家莫庭芝等。其后，萧光远、郑珍、莫友芝等又继承师业，先后主讲湘川书院，薪水嬗传，学术渊源不绝，又涌现出一批莘莘学子，如郑知同、赵怡之、黎庶昌、黎兆祺等。
兴义府原无官学、书院，清代教育始兴，值得一提的有笔山书院。这所书院建于乾隆年间，几经兴废，几度迁建。光绪元年(1875年)迁建于兴义县老城后山文昌宫，俗称老书院。光绪十五年(1889年)，乡绅刘官礼与赵学坤扩建书院，延聘省内外名流执教，又从武昌、长沙购回大批图书，大有起色。戊戌变法后，雷廷珍任笔山书院山长，提倡经学、小学，又订购《时务报》供学生阅读，思想渐为活跃。继后曾澍之、姚华任山长，又多有改进。光绪三十年(1904年)，由日本留学归国的徐天叙任山长，除教授经史外，加开算学等课程，并带领学生参加社会活动，举办演讲会，开启一代新风。次年，徐天叙亲领学生13名赴省城报考贵州通省公立中学，不惟全部中榜，而且前13名全为笔山书院学生，以此名扬全省。此后，笔山书院不少学生以公费或自费留学日本，成为民国年间风云一时的人物。例如：辛亥革命志士保衡、发起护国之役“天津七君子”之一的王伯群等。
注解：
[1]《贵阳市志·教育志》，贵州人民出版社出版。
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