书院与官学不同，它是学者讲课授业、著书立说、出版图书、开展学术活动的场所，由山长主持，聘请名家讲家，内容相当广泛，讲课也比较自由，学术空气较为浓厚，而听讲的学生，并不一定都参加科举考试，有已“进学”的人，也有未进学的童生。唐、宋时期，内地的书院已盛，而贵州见于记载的仅南宋时
沿河地方的銮塘书院。
贵州书院的兴起，是明弘治以后的事，当时贵州初设提学副使，毛科首开建书院之风，在贵阳办文明书院、在铜仁办铜江书院。自正德初王阳明创办龙岗书院以后，嘉靖、万历两朝书院大兴，前后百余年中，全省共建书院20余所。其中，省城贵阳和思南府最多，贵阳除文明书院外尚有正学书院和阳明书院，思南府有斗坤书院、为仁书院和大中书院，其余的书院分布在铜仁、镇远、黎平、石阡、都匀等府及平越、偏桥、兴隆、毕节、新添诸卫。
从全国来看，书院到了明代，已有日益官学化的倾向，但贵州因儒学教育兴起较晚，受正统思想的影响不深，加之王阳明等一批贬官在贵州兴学，书院自由讲学的风气依然很盛。正德三年(1508年)，王阳明谪贬贵州龙场，“龙场悟道”之后，以陋室数间，聚徒讲学，遂有龙岗书院。建学伊始，从学者三十余人，知名的如陈宗鲁、汤伯元、叶子苍等人，继后，“士类慕才云集听讲，居民环聚而观如堵”。他的讲学方式非常灵活，生员可以自由发问，老师根据自己的见解随时解答，充分展开辩论，师生相互切磋，《龙场诸生问答》便是当年王阳明与生员讨论的记录。为了给书院树立新风，王阳明定下了《示龙场诸生条》：“诸生相从于此甚盛，恐无能为助也。以四事相规，聊以答诸生之意。一曰立志，二曰勤学，三曰改过，四曰从善。”从这里可以窥见王阳明的教育思想。“立志”就是要学生树立远大理想，他说：“志不立，如无舵之舟，无衔之马，漂荡奔逸，终亦何底乎?”故必先立志而后才能笃行。“勤学”就是要在“勤勤谦仰”、“勤学好问”上下功夫。“改过”乃“致良知”的要诀，“不贵于无过，而贵于改过”，“称人之善而咎己之失，从人之长而明己之短”，只要能改过者便可成为“大贤”。“从善”是“知行合一”的最终目标，教师对学生应“忠告而善道之”，学生对教师应“直不至于犯，而婉不至于隐”，“教学相长”方可人善。总之，龙岗书院开启了贵州自由讲学之风，颇具独立思考、个性解放的特色。
时值席书任贵州提学副使，因慕王阳明的思想、才学和为人，特聘请他至贵阳的文明书院讲学。文明书院是贵州建立最早而且规模最大的书院，拥有两百多生员，王阳明至此，仿龙岗书院的教学方法，“为师者知其所以为教，为弟子者知其所以为学”，并在这里开始讲授著名的“知行合一”学说，而贵阳士子受其影响，大街小巷处处“歌声蔼蔼如越音”。
其后，王学弟子和再传弟子在贵州继续创办书院，聚徒讲学，传播王阳明的思想。嘉靖十四年(1535年)，巡按王杏建立阳明书院，旨在宣扬阳明心学，“倡明良知之旨以立教”。嘉靖十八年(1539年)，王学楚中学派弟子蒋信调任贵州提学副使，以为王学“直契吾儒之正脉”，遂建正学书院，亲自临院讲学，听者莫不为之鼓舞。此后，王阳明再传弟子李渭在思南府城建为仁书院，王学再传弟子孙应鳌在清平卫(今凯里炉山)建学孔书院，王江右弟子邹元标主讲都匀鹤楼书院并创立南鮎书院，皆继承王阳明讲学遗风。
清初，为了钳制思想，曾一度对书院采取抑制政策，规定“不许别立书院”。雍正十一年(1733年)，诏令于各省省会创办书院一所，省城遂有贵山书院。以后对书院的控制稍有放松，自乾隆、嘉庆以后，贵州书院蓬勃发展。至清末，全省书院达133所。贵阳府为首善之区，共建书院13所，著名的有贵山、正习、正本三书院。安顺府在明代未设书院，清代建书院11所，不唯府城设有双桥、凤仪、源泉三书院，而且少数民族聚居的郎岱厅(今六枝)亦办有岱山、爱莲、悬鱼三书院。兴义府素无书院之设，自乾隆以后建立了10所书院，以笔山书院最为著名。大定府属各州县，明代仅有一所青螺书院，清代新建了11所。遵义府发展最为突出，清代共建书院15所，以湘川书院最为著名。黎平府是清代建书院最多的地方，共计20所，府城及其附近有书院7所，古州厅新设3所，并在土司所在地建立书院。如龙里司的龙溪书院、亮寨司的双樟书院、中林验洞司的上林书院、湖耳司的清泉书院。都匀府有书院10所，其中，丹江厅有鸡窗、丹阳二书院，八寨厅有龙泉书院，偏远的荔波县有荔泉书院。镇远府有书院11所，其中台拱厅即有三台、拱辰、莲花三书院。思南府有书院12所，有的书院还办在乡间，如安化县煎茶溪的凤鸣书院、务川县石龙门的修文书院。此外，普安直隶厅有书院1所，仁怀直隶厅有书院2所，松桃直隶厅有书院3所，除普安过去有官学外，其余两地既无书院也无官学。
