伊斯兰教的根本经典是《古兰经》，又译作《可兰经》等。伊斯兰教传入中国后，只有手抄本行世。19世纪中叶，云南回民起义领袖杜文秀建立大理政权后，于公元1862年颁刊“大元帅杜新镌”《宝命真经》10
卷。每卷一册，每册20～30页。这是中国最早的木刻《古兰经》。清同治十一年(公元1278年)，清军攻陷大理，雕版遭焚毁。幸有杜文秀的“帅学”师傅、宗教顾问阿卜屯勒·哈么尼·马节臣一家冒生命危险保存下杜文秀生前用过的一部原版《宝命真经》。现存其六世孙，洱源县土庞村阿訇马品佺家。光绪二十一年(公元1895年)在云南穆斯林的鼎力资助下，经学大师马联元主持刊刻《宝命真经》。刻经工作严肃认真，虔诚敬重，一丝不苟。先由著名经师、阿拉伯文书法家田家培书写全部经文，再交马联元核对校正后，派专人护送底本至昆明南城清真寺刊刻。刻工三十余人，俱为四川高手。这部木刻本《古兰经》用中国阿拉伯文书法，遒丽刚劲，清新明晰，经文字母无一错漏。选用云南特产优质绵纸印刷，用墨精美，是具有中国特色的木刻本《古兰经》，实为传世精品。1984年，在云南省人民政府支持下，伊斯兰教协会经3个多月的艰苦努力，在昆明南城清真寺清理了保存完整的雕版1946片3571页，请著名专家精心校勘，由新华印刷厂精印，1987年举行隆重的首发庆典。云南木刻本《古兰经》是海内外孤版，为中国穆斯林的珍贵文化遗产。
经堂教育是中国伊斯兰教历史上的一种清真寺内附设学校的宗教教育。云南伊斯兰教经堂教育把阿拉伯和波斯文的经典大量翻译为汉文，深入浅出地诠释古典经书。在一个相当长的时期里，中国伊斯兰教经堂教育不学习汉语。云南伊斯兰教著名学者马德新提倡学习汉文。到马联元时，提出“经书并授”的教学原则，努力改变“念经不读书”的传统教法。到20世纪20年代，“中阿并授”已成为云南经堂教育普遍采用的教学法。为使学生较好地领会伊斯兰教经典，云南经堂编写了许多中文和阿文的辅助教材。汉文的如《清真指南》、《四典会要》、《天方典礼》、《天方性礼》等。对传统的阿拉伯文经典作了大量删繁就简、改进、补充的工作，为适应穆斯林妇女学习教义的需要特别编写了有关教材。在教授阿拉伯语时采用歌诀、图表等方法教学，有利于学生学习掌握。云南用图表讲授阿拉伯语的语法为埃及学者赞赏推崇。云南经堂将学生按照学习程度分为小组，指派程度高的充当小先生，协助老师指导和帮助程度低的，可以互相学习，共同提高，是一种行之有效的教学法，称之为“穆尔林制”(意为小先生)。
朝觐是穆斯林的五项宗教功课之一。每个穆斯林在身体健康、经济能力许可、旅途平安的情况下，一生中至少应到麦加朝觐一次。在云南，伊斯兰教徒大多数没有能力到麦加朝觐，但心向往之。也有不少人省吃俭用，筹集经费，历尽艰辛，不远万里，长途跋涉到麦加城朝觐，其中最为出名的是马德新。马德新是大理太和人，他于回历1257年(道光二十一年，公元1841年)10月(夏历九月)自滇启程，经景东、思茅、车里(景洪)出缅甸，经孟艮、孟乃至阿瓦城(曼德勒)乘江船至仰光，又乘海船越印度洋经孟加拉、锡兰，于第二年到达热地，然后从陆上行进，到麦加朝觐，再到麦地那谒陵。然后周游西亚各国胜地，结交贤达学士，研究宗教、天文、地理、历史和阿拉伯国家的礼乐制度。回历1263年8月(道光二十七年六月，公元1847年)乘海船经马六甲、新加坡，于第二年(公元1848年)抵广州。经肇庆、梧州、南宁、白色回到云南。出行约八年，用阿拉伯文撰著《朝觐途记》一书，由马安礼译成汉语，记载他到麦加朝觐的途程于见闻。这不仅是研究云南伊斯兰教朝觐的重要著作，也是研究云南与西亚交通和文化交流的重要历史资料。
20世纪上半叶云南曾出版发行过多种汉文伊斯兰教报刊。主要有：《清真月报》、《清真铎报》、《清真汇报》、《清真旬报》、《云南伊斯兰画刊》、《新穆民》、《伊斯兰通讯》等。这些报刊，阐发教义，弘扬爱国主义精神、宣传“五族共和”、促进民族团结、鼓吹强国富民、提倡教育文化、沟通信息。在近代云南文化史上有积极作用。
云南的清真寺从元代开始建筑以来不断在各地兴建。云南清真寺基本上是木结构、四合院式组群布局。沿一条中轴线布置成一进、二进或三进的四合院，高低有序，前后映照，节奏明快，布局涵韵。主要有昆明南门清真寺、通海纳家营清真寺、玉溪大营清真寺、鲁甸拖姑清真寺、开元大庄清真寺，建水馆驿清真寺、永平曲硐清真寺、巍山小围埂清真寺和回辉村清真寺等。这些寺院大多具有庭园特色。寺内鲜花芳草淡雅，苍松翠柏挺拔，石碑木匾相映，置身其间，心旷神怡。
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