伊斯兰教7世纪初产生于阿拉伯半岛。“伊斯兰”一词原意为“顺从”，指顺从安拉(中国穆斯林亦称真主)的意志，为穆罕默德所
创立。伊斯兰教在阿拉伯半岛兴起不久，就传入中国。在中国史籍中，最早用汉语记述伊斯兰教情况的文献是唐代杜环的《经行记》。此书已亡佚，在杜佑的《通典》中存有片断纪录。据《闽书》记载，穆罕默德有门徒大贤四人。武德(公元618～626年)中来朝，一贤传教于广州，二贤传教于扬州，三贤、四贤传教于泉州。从7世纪开始，阿拉伯穆斯林就沿着陆海交通线到中国贸易、旅行，传播伊斯兰教。唐、宋、元三代，是伊斯兰教在中国传播的主要时期。
公元13世纪初，成吉思汗西征，在征服一些信仰伊斯兰教的大小国家后，征集当地信仰伊斯兰教的民众编入“探马赤军”。蒙古宪宗三年(公元1253年)，兀良合台率探马赤军随忽必烈进军西南。当年12月平定大理(云南)。为巩固对云南的统治，忽必烈留兀良合台率探马赤军镇守云南。兀良合台率领的探马赤军在云南主要交通线各战略要地屯田驻守，分布于昆明、大理、保山、腾冲、昭通等地。探马赤军中信仰伊斯兰教的回回军士就分布在云南大部分地区。他们留守云南不归，成为云南最早的回回人，伊斯兰教亦随之在云南传布，在回回军士驻守屯田的地区开始兴建清真寺。
云南伊斯兰教属于正统“逊尼派”。逊尼派承认四大哈里发都是合法的继承人，获得历代哈里发国家的扶植而广泛流行。逊尼派在神学方面有两个著名的支系，一为“经典派”，在探讨教义时着重经典明文；一为“意见派”，在注重经典明文的同时，侧重个人见解。逊尼派因对教法问题的观点不同而出现许多教法学派，其中最著名的是哈乃斐学派、马克力学派、沙斐仪学派、罕百里学派。云南的穆斯林在教律教法方面，都遵守哈乃斐教法原则，但对另外三个学派也十分尊重。在云南伊斯兰教逊尼派中又分为两类不同的派别：一类是重视教乘宗教功修的派别；一类是注重道乘宗教功修的派别。云南伊斯兰尽管有不同派别，但仅只是在细微末节上稍微不一而已，他们之间有更多的共同点。各教派不同程度地接受中国传统文化的影响，他们尤其注重儒家思想的研究，吸收儒家思想的精华，丰富和发展伊斯兰教的教义和理论，把穆圣(穆罕默德)与孔圣(孔子)相提并论，用孔子的儒家学说印证伊斯兰教义，在语言、建筑、科学文化诸方面与汉文化的差别日趋淡化。
云南伊斯兰教的阁底目教派主张要重视“舍若阿提”(法定的干功)，对于副功，即“天命”(安拉命令)的典礼(宗教规定)和圣行(穆罕默德的言行)的宗教功课，认为“为则好，不为也无过”。要努力认真地履行天命的、典礼的、圣行的“设若阿提”，若有余力才去做副功。不认真做干功，独立地做副功是本末倒置。阁底目教派的教权组织形式是单一的教坊制。一般以一村一寨建立一个清真寺，以清真寺为中心组成教坊。各教坊间互不隶属、互不干涉教务，但相互往来密切，相互支持、相互帮助。阁底目教派十分注重礼仪，礼拜、斋戒、念经等都相当认真严格，一丝不苟。阁底目派深受汉文化的影响，在宗教仪式中吸收了一些汉族习俗。许多伊斯兰学者兼通儒家学说，用儒家思想阐述伊斯兰教的一些教义。
18世纪，西北地区的哲赫林耶派(西北地区称“门宦”)传入云南。哲赫林耶是阿拉伯语的音译，原意为“公开的”、“响亮的”。他们主张公开高声响亮地念诵赞词，所以又有“高念派”、“高赞派”之称。云南穆斯林俗称“新教”。哲赫林是中国伊斯兰教四大门宦之一。清乾隆年间由甘肃武都大阿訇马明心创立传播。他们在保持伊斯兰教的基本信仰的同时，崇信并神化教主，在教徒中广泛传播教主的“神奇”、“灵验”。主张朝拜教主的拱北，特别重视跟随教主做道乘修持的功课。云南人马学成慕名到甘肃拜马明心为师，马明心有感于他心诚志坚，不仅收他为徒，还认他为义子，精心指导，认真传习。马学成回到云南传播哲赫林耶教义，不为当地伊斯兰教派所容，遂离家出游，后成为一家金矿的业主。1781年马明心被清政府杀害，家属惨遭株连，长子马顺清被发配云南墨江，幸遇义兄马学成搭救，落籍云南。马顺清子孙繁衍成为一方富户。马顺清与马学成一起弘扬哲赫林耶教派，使之在云南落地生根，有了很大的发展。现在哲赫林耶派主要分布在通海、弥勒、峨山、墨江、个旧、罗平等地。
中国伊斯兰三大教派之一的伊赫瓦尼派，在清朝末年由马万福为首的“十大哈只”倡导。他们主张应该按照伊斯兰教的教法组织和举行宗教活动和仪式，革除不合教法的礼仪，强调《古兰经》中关于“凡穆民皆兄弟”的经文，实行互不隶属的教坊制，无教主和首领，在经文教学与传播中主张中文与阿拉伯文并重。伊赫瓦尼的意思就是“兄弟”。由于他们倡导“凭经行教”、“遵经革俗”，故有“遵经派”、“圣经派”之称，云南穆斯林俗称“新兴教”、“新行”、“新派”。公元1917年云南宣威阿訇马维海到成都、汉中等地游学，两年后慕名到马万福门下拜其为师，苦学8年。他得到马万福亲自教诲与特别指点，深通伊赫瓦尼教义学理。学成后周历包头、张家口、上海、香港、新加坡等地，眼界大开，新知剧增。1925年马维海阿訇返回昆明，曾被聘为迤西公清真寺的开学阿訇。不久受寻甸回教俱进会礼聘，任城关镇清真寺教长达13年之久。他大力弘扬伊赫瓦尼“凭经行教、遵经革俗”的主张，影响深广。云南各地的教徒慕名到马维海阿訇帐下求学请教。四川、贵州等外省信徒也不远千里负笈前来求教。伊赫瓦尼教派在20世纪20年代中期开始在昆明、昭通、个旧等地广泛传播。
