从东晋永和三年(公元374年)至北周亡(
公元581年)，有234年。这一时期巴蜀成为争夺的疆场，成都易主不下十次。得蜀者外有强敌，自顾不暇，当然无力经营南中。南中为大姓统治，大姓恃远擅命，争长称雄。当李雄时期，霍、爨二氏最强，到咸康五年(公元339年)，“建宁太守孟彦率州人缚宁州刺史霍彪降于晋”[1]。爨氏并吞其他大姓，统治滇东区域，称霸南中。但爨氏始终为益州一部分，并没有建国独立，凡得势于蜀的王朝，都与爨氏联络，通过爨氏统治南中。南中与内地的联系分不开、割不断。
萧梁时期，武陵王纪于大同三年(公元537年)为都督益州刺史，他在蜀17年，大力开发宁州，加强与南中的联系。使宁州贡献的方物十倍于前人[2]。
大同末年，徐文盛为宁州刺史，他“推心抚慰，示以威德，夷僚感之，风俗遂改”[3]。他是永和三年以后200多年间，最有作为的宁州刺史，为加强对南中的统治，改善了民族关系作出重要贡献。
梁承圣二年(魏废帝二年，公元553年)西魏将领尉迟迥乘武陵王萧纪征讨侯景率兵东下时，以精甲锐骑进围成都，尽得巴蜀之地，即以尉迟迥为益州刺史。公元557年，南朝梁亡于陈，陈无力控制益、宁二州之地，这里即为北周所有。
大象二年(公元580年)七月，北周任命将军梁睿讨平益州，随后任命梁睿为益州总管。梁睿两次上书请求略定南宁州，置总管府。他建议在南宁州设置郡县，并对“熟蛮”征收租税。一则可以加强对蛮夷的控制，二则有益于军国发展势力，第三可以“拓土开疆”、“远振威名”[4]。根据梁睿的建议，北周设置南宁州总管府，任命爨氏为南宁州刺史。
爨氏称霸以后，自相承袭，尽管南朝对南中已不能实行直接切实的统治，但依然不断任命宁州刺史。南中大姓被任命为官的为数也不少，但他们与外籍官员一样是“流官”，有任期、不能世袭，且大都是在外乡他郡任职。北周任命土长爨瓒为南宁州刺史，开任命当地酋首土长为地方郡县长官的先例。从此以后，经隋至唐代天宝初年的爨守隅，都由中央王朝任命爨氏为刺史、都督，约二百年。这不仅与汉晋以来的边郡体制不同，而且与南朝的情况也大不相同。北周任命土长为刺史实是边疆郡县制度的重大变革，是唐代羁縻府州的先声。
北周设置南宁州，下辖朱提、建宁、兴古、云南四郡。其境界广袤二千余里。北面相当于今滇东北昭通地区和今四川为邻，南面相当于今文山州与今越南接壤，东面与今贵州分界，西面达澜沧江以西。
隋王朝建立之初，云南仍然为爨氏控制。开皇五年(公元585年)左右，隋朝利用爨氏内部纷争，任命韦冲(亦作“韦世冲”)为南宁州总管，持节抚慰。北朝的地方行政机构为州、郡、县三级。但郡县建制日趋混乱，到北周时，出现有官无土、有牧守而无人民的怪事，形成“民少官多、十羊九牧”的庞大地方行政机构。隋文帝于开皇三年(公元538年)悉省诸郡，以县直隶于州，把东汉末年以来州、郡、县三级管理的地方行政机构改为州县二级。韦冲到南宁后，省郡设州，取消南宁州总管府，设置昆、恭、协三州，初步改变了自晋永嘉以来南宁州郡县繁多混乱的局面。昆、恭、协三州的刺史仍然任命土长担任。不久爨氏反叛，隋王朝两次派兵镇压，给爨氏势力以沉重打击，对于加强中央王朝在云南的统治，巩固统一，无疑是有积极作用的。
唐代在隋朝的基础上，对过多的州县力加并省，过去监察太守或管辖诸郡的州刺史，此时已直接管辖县令。为加强对州的管理，在州之上设置道。先为10道，到开元二十一年(公元733年)由10道变为15道。道作为地方的大政区形成定制，西南地区设置剑南道统辖诸州。
唐朝于武德元年(公元618年)改隋蜀郡为益州，置总管府，管辖17州。其中嶲、戎、南宁、昆、恭五州在云南地区。武德三年(公元620年)置嶲州总管府(今四川西昌)，七年(624年)改为都督府。贞观六年(公元632年)置戎州都督府(今宜宾)，唐朝以嶲州和戎州都督府为据点经略和控制云南。
