云南书院制度之创设，始于元明，至清代而大盛。康熙二十四年(公元1685年)云贵总督蔡毓
荣、云南巡抚王继文在省城昆明南门外慧光寺左创办育材书院，这是清代云南创建书院之始。此后全省或修复明代书院，或新建书院，云南书院获得前所未有的发展。单以云南府来看，清代两百余年间新增了经正、育材、九峰、雉山、雪堂、太极、信天等18所书院；大理府新增了凤鸣、万青、毓英、洱源、云龙等22所书院，一些明代尚未建书院的地区，如云州、沾益州、丽江府等府州，就新设了瞻云、云州书院和西平、龙华书院，以及玉河、榕城书院。有清一代，云南全省共建书院212所，使云南的书院从明代的50余所发展到清代的240余所，云南书院向前迈进了一大步。其中康熙、雍正、乾隆年间新建书院共计106所，占整个清代新建书院的50%[1]。书院成为全省主要的高等教育机构，在近代学制实行以前，为云南教育的发展起到了积极作用。在这二百余所书院中，规模之宏大、历史之悠久、人才之辈出者以省垣之五华、经正两书院以及昆明之育材书院颇具名望，在云南书院中名噪一时，成为清代云南教育中的一大盛事。
五华书院旧在府治西北，自明嘉靖三年(公元1524年)巡抚王启建立以来，一直是云南最大的一所全省性书院。这座书院在明末的战乱中被毁。清雍正九年(公元1731年)总督鄂尔泰为“聚三迤十四府秀良之士而藏修息游其中”，乃重建五华书院，并以自己西林觉罗的姓氏冠以“西林书舍”之雅名。他把此事上奏雍正皇帝，得到恩准，奉旨将原赐给他的《古今图书集成》计5018本贮于五华书院，又购置经、史、子、集诸书万余卷藏于五华书院，规制初备[2]。所有学舍修葺一新，入门古柏森森，其布局前为讲堂，后为山长居室，室旁东西各院外两翼藏书楼，及讲室左右厢皆为书舍，选士课读其中，谨稽出入。雍正年间统治者已看到书院在选才造士上的重要作用，“建立书院，择一省文行兼优之士，读书其中，使之朝夕讲诵，整躬励行，有所成就，远近士子，观感奋发，亦兴贤育材之一道也”。雍正十一年(公元1733年)命直省省城，设立书院，各赐帑金1000两，为营建之费，赐昆明五华书院帑金1000两，当时治滇者尹续善用此经费增扩书院，复以其余买官庄田，岁收入租谷以供修脯廪饩，其所为规条益详。
书院师资的设置，聘山长1人，设监院1人，学长2人。书院学生名额，正课之给膏火者80名，其附课而来者不限。书院课试安排，课期每月4次，初三、十八日为官课，由督抚、学正各官员轮流为书院指定讲学题目，一般由监院于头一日告知官府，次日到官府请官员指明课题，一试书文，一试贴诗，十三、廿八两日曰师课，由书院院长自课之，也是一试书文，一试帖诗，至夕而毕。课后评定甲乙列榜，优之给予奖励。嘉庆十七年(公元1812年)盐法道山阴何金复增设字课，以月之廿三日旧设膏火银80份，每份月加银1两6钱，米3京斗，学长倍之。嘉庆十八年(公元1813年)值癸酉乡试，官员要求自2月至8月增加膏火银30份，由督抚及学政司道府捐发，凡乡试年皆以此为准。五华书院在各界学政官员的支持下获得了发展。嘉庆二十年(公元1815年)学政顾莼复同司道捐银1000两，按年银35两的标准，作为字课卷资的奖赏。道光元年(公元1821年)学政杨殿邦拿出廉俸所得来增置书舍，第二年又定膏火银，每份月增银5钱，从各官的养廉银中拨发。道光三年(公元1823年)重建左右厢书舍。第二年复修东西院书舍。书院教职员薪俸，山长岁束修银400两，月薪蔬银15两，米2京石；监院自有俸禄，月薪蔬银6两，米1京石；火夫工食银月1钱5分。按年卷金银60两，乡试之年增银20两。
正当云南书院获得较好发展势头的时候，咸丰六年(公元1856年)滇西大理爆发了以杜文秀为首的回民起义，声势浩大，同治六年(公元1867年)杜文秀派20万起义军包围省城昆明，在这期间，书院教学受到严重影响，课试被迫停止，历经多年积累的丰富藏书也悉为灰烬。直到同治十一年(公元1872年)杜文秀被杀，回民起义被镇压，巡抚岑毓英奏准由盐斤项下每斤抽银5分、3分不等，作五华书院束修膏火之费，增设举人膏火正课10份，每份月给银3两；副课20份，每份月给银2两；生员正课80份，每份月给银2两；副课80份，每份月给银1两。恢复每月初三、十八日的官课，笔资由课试各官捐养廉银奖给。书院教员薪俸山长聘在籍翰林院或曾任京外官者，束修增加银100两；监院用教职，月薪增加为40两；三迤设学长2人，月薪2两，书办杂役已有定章，均由盐库支领。书院教师束修、学生膏火得到增加，书院教育有较大发展。光绪四年(公元1878年)巡抚杜瑞联上奏朝廷云南需购置一批书籍，分发给五华、育材两书院，并准备把较好的刊印分发给各地学校。因而五华书院的藏书，自咸同兵燹遭毁后，历年来，统治者加以培植，先后购置刊刻经史子集若干卷，置于藏书楼，有同庆老王炽捐赠影印铜活字本《古今图书集成》于书院，士子获益斐然，至今犹存。至此书院旧观始备。凡滇之略具隽才者，无不招而纳之书院中，每秋榜中试多者30人，少亦20人，所选之才，所造之士为滇中之最。山长悉心教诲，训课之功不可诬。据师范《滇系·五华书院山长志》所载，当时五华书院之山长，前则乌程人孙潜村先生，后则闽县人张惕庵先生，皆能讲求实学，虽经数十年，“其教泽所及，即新进后生，无不仰之。”据《清实录》载：乾隆三十年(公元1765年)有官员奏：“滇省五华书院山长张甑陶自主讲席以来，迄今五载，实能尽心训迪，卓有成效。请令为黔省贵山书院山长。俟届满6年抚臣就近考核，或照例奏请议叙，或送部引见示奖，临期再行酌办。”高宗认为山长之设，若无考核，则未免怠于训课，惟知恋栈优游，于教学无益。因而要求各地巡抚总督报奏在职6年以上，教术可观的书院山长，准备给予奖励。张甑陶也在7年后受八品职衔。
