美岱召的建筑布局主要由城墙和寺庙组成，是一座城寺结合、人佛共居的喇嘛庙。在这座亦城亦寺的大院内，既有王公住宅，又有供奉佛像的庙宇和安置骨灰的殿堂，是一座著名的明代塞外“城寺”。美岱召原是阿勒坦汗作为政治中心修建的，在他崇信藏传佛教之后，这里就既是他的驻地，又是他礼拜佛教的地方，因而被称为“城寺”。该寺略呈不规则正方形，类似一座堡寨式建筑，总面积4万平方米。建筑群四周是用大块鹅卵石垒砌的城墙，高约5米，城墙四角有外伸的墩台，上建有重檐角楼，正面为城门，上有垛口及一座三层歇山式的城楼。城门上方镶嵌有一块石匾，上面记载了阿勒坦汗之孙媳乌兰妣吉于万历三十四年(1606年)起盖灵觉寺泰和门一事。对于石匾上的题记，蒙古史学家多有解释。

进入城门，正面是美岱召最宏伟的建筑—大雄宝殿，该殿是汉藏式建筑风格相结合的建筑物。殿内西墙上是一组色彩斑斓的壁画，描绘了蒙古族的崇佛场面，其中最引人注目的是画中的供养人，正中端坐的男女二人，据说是阿勒坦汗及其夫人三娘子。另外，作为供养人被绘于壁画中的众多人物以及他们丰富多彩的服饰、器物等等，都是研究16、17世纪蒙古人生活习俗、崇佛、服饰方面的极为重要的资料。

矗立在一个正方形高台上的是一座歇山式三层楼阁，因房檐及顶部覆有绿色琉璃瓦，俗称琉璃殿。琉璃殿面阔三间，底层正中开门，两侧无窗。传说这里是阿勒坦汗接受朝拜的地方。琉璃殿西侧的两座殿分别是老君庙和西万佛殿。因召东城墙外曾有一座东万佛殿，故这里称为西万佛殿。传说，这里是迈达哩·呼图克图举行法会的地方。西万佛殿南侧是经堂，还有一座称为乃春庙的藏式建筑，这里曾经是迈达哩·呼图克图居住的地方。

经堂东北侧有一座重檐歇山顶式的庙堂，称为太后庙。庙内无塑像，只有一座覆钵式檀香木塔，高约3米，雕刻精美，据传说，塔内安放着阿勒坦汗夫人三娘子的骨灰，故俗称太后庙。城墙东北隅有一座小寺院，据说三世达赖曾经居住在此，故称达赖庙。

美岱召的历史与土默特部阿勒坦汗家族的历史有着十分密切的联系，它既是阿勒坦汗家族的统治中心，又是藏传佛教再度传入蒙古地区的重要弘法中心。美岱召对于研究蒙古族历史、佛教史、建筑史和美术史都具有极其重要的资料价值，是研究明代蒙古和土默特部历史的珍贵实物遗存。

美岱召是内蒙古自治区重点文物保护单位。这一带山清水秀，树林茂密，风景优美，交通便利，是土默川上的一处著名游览胜地。