“伊斯兰”为阿拉伯语音译，原意为“顺从”，指顺从“安拉”及“安拉使者”的旨意。伊斯兰教在唐代传入中国，首先在西北地区传播。蒙古军征服中亚及西域以后，签发了一批穆斯林为“西域亲军”。南宋末年，蒙古军进入云南，随军南下的以“回回”人为主的西域亲军信奉伊斯兰教。元初在滇东北及
黔西北一带屯田，回回人便来到贵州威宁一带，伊斯兰教也就在这时传入了贵州。明初，傅友德、沐英等往征云南，在黔西南屯田的卫所官兵中有一部分回回人，后来留在兴仁、兴义、普安、盘县、晴隆一带。伊斯兰教在贵州又有发展。明末清初回回人开始形成为回族。清代移入贵州的回民，大部分是经商和从事手工业的，散布在驿道沿线的城镇，如贵阳、安顺等地。回族进入贵州的过程，与伊斯兰教在贵州的发展基本上是同步的，大抵也就是这三个阶段。
最先移入威宁的穆斯林，他们以屯堡为聚居区，世代传承着“格底目”老教。“格底目”系阿拉伯语，意为“尊古”，故有“老古派”、“尊古派”和“老教”之称。这个教派严守伊斯兰教的旧规，反对标新立异，虔守正统，讲求和平，亦不攻击任何教派或门宦。他们实行“教坊制”，以穆斯林聚居区为单位自成一体，互不干涉，各行其是。教务管理采取“三掌制”，即设掌教“伊玛目”(后来改称开学阿訇)、教经“海推布”(后来改称二阿訇)和呼唤礼拜的“穆安津”(后来改称玛金)三种职称。开学阿訇是清真寺的宗教领袖，由教坊的穆斯林协商聘请，任期一年、两年、四年不等，他的职责是率领教众礼拜、讲经、传教和主持宗教仪式，届期后离去。二阿訇主要是负责讲经，必要时可代行开学阿訇的职权。玛金的任务就是传呼，把礼拜的人召拢来。寺院设学董和乡老管理事务，有的设董事会，一般只有兼职的住寺阿訇。
格底目在教义上属逊尼派，教律上属哈乃裴派，要义在于“顺主”，但在流传过程中不断受到汉文化的影响，渗入不少儒家思想，往往用宋明理学的观点解释教义。这个教派最重视实干，严格遵守念、礼、斋、课、朝“五大功课”，坚持“六大信仰”，认为只有今世实干才有后世幸福，立足今世就会有来世的硕果。宗教礼仪十分严格，一律遵照古规。每日的聚礼，除六拜“主麻”外，还有响礼十拜，共16拜。“斋月”前一月，每户都要宰牲念经，称为“白拉提”(赎罪)，最后到清真寺集体“了夜”。斋月的第14日纪念“女圣纪”，27日“坐夜”(即益尔得夜)。婴儿出世要起“经名”，年满12岁举行“割礼”仪式，结婚要请阿訇念“尼尔”(贺词)。临终时要举行“讨白”(忏悔赎罪)仪式，举行葬礼时以《古兰经》转“费达”(赎罪)，入土后要在坟侧置“驱魔石”，死后每逢三天、七天、二七、三七、四十天、百日、周年、三年等日都要宰牲搭救亡人。
格底目教派一直延续到清末民初，其间出现的门宦制度也未能使它动摇。到了20世纪30年代，云南著名经师王佳鹏哈旨的儿子王少美阿訇和马维海阿訇负笈西北，投入伊赫瓦尼派门下，学成归来大力推行伊玛目哈乃菲学说，才开始接受伊赫瓦尼教派的主张。“伊赫瓦尼”意为“兄弟”，倡导维新，主张“尊经革俗，凭经立教”，要求回复到《古兰经》、《圣训》和“逊奈”(圣行)的轨道上来，号召“一切回到《古兰经》中去”。在“功课”方面，主张做好“天命”、“当然”、“圣行”，有余力而后做“付功”。重视聚礼和会礼，每日五拜，礼拜打座念作证词时要举起右手食指，表示真主是惟一的信仰。丧葬反对以《古兰经》转“费达”，改为以钱为死人赎罪，并取消阿訇在人临终时念“讨白”及死后的各种祭日，而在主麻日追悼亡人。对妇女的限制比其他教派更严，但反对缠足，提倡男子留胡须、戴平顶礼拜帽。自马学科阿訇在威宁推行伊赫瓦尼教派以来，开办经堂教育，提倡中阿并学，培养不少“海里发”，于是取代了格底目教派。
黔西南及安顺地区的穆斯林，原先也实行格底目教坊制，清代道光以后都归属于哲赫令耶门宦。“哲赫令耶”意为“公开”、“高扬”，称为“高念派”或“高扬派”，是中国伊斯兰教四大门宦中人数最多、传播最广的门宦之一，创始于清代乾隆年间，以甘肃官川为传教基地，所以又称为“官川门宦”。道光年间，一些到云南或甘肃学经的阿訇，开始把哲赫令耶传到盘县一带，盘县大河铺清真寺阿訇张凌翔也曾到甘肃学过哲赫令耶新教，他一面传经，一面教回民习武，“为市井所推崇，以此雄长回族”，被称为“鸡纵三爸”。咸丰六年(1856年)，云南爆发了以杜文秀及马德新、马如龙为首的回民起义，波及贵州普安、盘县、兴仁、兴义等地，于是以哲赫令耶为中心把这一带的穆斯林发动组织起来，于咸丰八年(1858年)在张凌翔、马河图的领导下举行起义，称为“白旗军”
。起义军首先占领新城(今兴仁)，乘胜扩充队伍，攻打贞丰、兴义、安南(今晴隆)、普安、盘县等地，造成很大声势。同治二年(1863年)，云南巡抚岑敏英以“议抚游击”的官衔授金万照，派他到贵州招抚回民，金万照是哲赫令耶教派的阿訇，到达新城后被推为经略大臣，反帮助张凌翔等巩固起义军政权，凡义军所到之处皆修建清真寺，又设立经院招收8至16岁的儿童学习经典，把军事活动与传教结合起来，在军事的推动下扩大哲赫令耶派的影响。及至起义失败后，穆斯林大遭屠杀，幸存的则散居在普安县青山、小屯、泥堡、红岩、楼下、猫田及兴义县潘家庄、鲁楚营、拉拿翁、红冲大寨等地，有一部分则迁往镇宁、安顺、平坝、织金、黔西、毕节，于是哲赫令耶便扩散到这些地方，但在清政府的严密监视下，活动受到很大限制。为了恢复伊斯兰教，哲赫令耶第七代教主马元章采取和平复教的方针，由甘肃来到贵州兴仁，并在鲁楚营的三家寨建立清真寺，以杨云鹤为教长，管理十二坊回民教务，哲赫令耶派从此又发展起来。
哲赫令耶除了伊斯兰教的7种正统信仰外，增加了圣徒圣墓信仰，“舍西德”(殉教)思想在它的教义中占有重要地位，并提倡对教主的狂热崇拜。它实行道堂、教区、教坊三级制；“道堂”是传教中心，由教主统辖各教区和清真寺，掌握门宦事务的权力；“教区”由若干教坊按地区组成，设“乃依斯”管理教区内的宗教事务；“教坊”即清真寺，由阿訇主持。教徒戴“六牙帽”，以六块等边三角形的布做成，表示坚信“六大信仰”，帽围是以一布条表示全体统一在伊斯兰教门下，顶端的小疙瘩表示“真主独一无二”，以绿、白、黑三色标识出人们在教中不同的身份。按他们的规矩，先念经然后才能吃饭，请阿訇来家念经时更要特别讲究。礼拜与其他教派不同，星期五的主麻只礼十拜，30本《古兰经》全部开完才能圆经。
贵阳的伊斯兰教有所不同，因为穆斯林来自各地，将其教派、门宦带来，既有“格底目”派也有“哲赫令耶”，彼此和平共处，互相尊重，各行其道，清真寺聘请的阿訇两派均有。伊斯兰教传入贵阳，大概是清代雍正年间，穆斯林多半是经商或手工业者，也有从外地来做官的，他们迁来的时间先后不一，籍贯也不一样，有的来自河北，有的来自甘肃，有的来自云南，有的来自兴义、盘县。据(道光)《贵阳府志》记载：贵阳的清真寺“在府城团井巷内，雍正二年回人建，道光十七年重修”。清末光绪年间，在贵阳出现了伊斯兰教组织“中国回教俱进会”，主要从事翻译《古兰经》、刊行《穆光半月刊》并普及回民教育和举办慈善事业。
清真寺是穆斯林主要的宗教活动场所，它既是穆斯林沐浴、礼拜的地方，又是阿訇宣讲教义及宗教知识的讲坛，也是培养“阿里发”的经堂，同时又是穆斯林举行婚、丧、嫁、娶和纪念亡灵的集会场所和欢度节日的礼堂，它由礼拜堂、经堂、望月楼三部分组成。贵州最早的清真寺，当推威宁西凉山马撒营清真寺，据说是明洪武年间所建，它是一座石木结构的建筑，礼拜堂瓦檐中有一凸起的宝顶，南北厢房共8间，过道6间，组成一个四合院。明代所建的清真寺，还有威宁的扬湾桥清真寺，建于明朝万历年间，其建筑样式与宁夏固原县柳树湾清真寺相仿，后毁于兵火，康熙三年重修。清初修建的清真寺很多，如康熙年间修建的安顺城关清真寺和遵义清真寺，雍正元年建威宁凉水井清真寺，雍正二年建贵阳清真寺，雍正八年建威宁老院子清真寺，雍正十年建威宁新院子清真寺，雍正十二年建威宁县城清真寺，其余各寺大抵是清末才修建的。经堂教育情况详见教育一章中的第四节，这里就不赘述了。至于清代以后伊斯兰教的情况，本书从略。
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