自然崇拜是云南少数民族宗教的主要内容。云南少数民族大都有自然崇拜，他们把自然界的许多现象人格化，把自然物视为具有强大生命力的对象加以崇拜。人与自然的关系转化为人与神的关系。自然界的日、月、星、地、山、河、
水、火、石、木等与人们生活、生产有关的物体和现象都成为崇拜的对象。云南是一个多山的省份，山地占全省面积的84%，高原和丘陵占10%。少数民族多居住在山区。背靠大山聚居在山腰或山脚的开阔地是多数村落在地理环境上的特点。山与云南各民族有密切的联系，山是人们生活、生产密不可分的自然物。人们靠山生产、靠山吃饭。大山崇拜成为云南少数民族自然崇拜最基本的形式。沧源佤族把他们居住的两座并连的山分别称为“哥哥山”、“妹妹山”，兄妹山结为夫妻，繁衍了佤族。所以山是他们的始祖，每年都要祭祀这两座大山。用公牛、公猪、公鸡祭祀哥哥山；用母牛、母猪、母鸡祭祀妹妹山。祈求人丁兴旺，五谷丰收。宁蒗普米族把他们祖辈居住的山作为本氏族的舅祖，称“舅祖山”，传说是祖舅山生育繁衍了普米族。每逢春节都要隆重祭祀山神。刀耕火种与狩猎的民族祭祀山神更是一年中必不可少的大事。通过祭祀祈求山神赐予丰收，使人们得到更好的收成、更多的猎物。人们离不开山的保护，更离不开水的养育。云南山多坝少，喜雨怕旱，每一个民族都盼望天降甘霖，带来丰收。当然水也会带来祸患与灾难。暴雨成灾、山洪暴发常常给人们带来苦难，留下难忘的惨痛。水在人们心中既神圣又可怕。所以，对水的崇拜是云南所有民族宗教信仰的基本内容之一，水成为云南各民族普遍崇拜的对象。傣族、德昂族、布朗族、阿昌族不仅认为水与生产生活关系密切，而且认为水对人的身体健康至关重要。水可以驱邪治病，有洁身健体的神力。一年一度的泼水节，祈求风调雨顺，五谷丰收、村寨吉祥、人畜平安、消灾免疾，在庄严、肃穆而又欢乐、轻松的节日中蕴含着对水的崇拜与敬畏。与水一样，火既给人们送来光明、温暖、熟食等好处，也给人们造成许多灾难。刀耕火种的山地民族对火的依赖与敬畏使他们对火的崇拜虔诚有加。在彝族、白族、纳西族等民族中普遍盛行的火把节，正是火崇拜的宗教信仰衍化为世俗的流行节庆。与山神崇拜相关联的是“神林”、“神树”的崇拜，几乎每个村寨都有自己的神林地，环绕村庄的树木森林是神与鬼栖息之地，村寨中央或村前寨尾都有神树，人们时时向神树祈祷，感谢它对村寨和人畜的保佑。在云南民族中普遍流行石崇拜。有石崖、石穴、石柱、石笋、石块等崇拜，石崇拜与生活、生产、生育等有密切关系。打火石、石刀、石斧、石锅、支锅的锅庄石、建房盖屋的基石等，是人们生活生产中离不开的宝物，由此产生对石的各种崇拜。自然崇拜是与云南民族以神的名义，通过宗教的形式，调整人与自然的关系。崇拜自然，保护自然，也就是保护人类本身。没有对大自然的保护，人类也就失去生活生产的条件，要受到神的惩罚。透过神秘的宗教色彩，我们不难看到其间的积极意义。
灵魂观念是云南民族宗教的普遍信仰。尽管灵魂观念在各民族中的表现各有不同，但“人魂合一”的观念则是大体相同的：认为灵魂是人生命的精神体现；是死者意念和再生的精神体现。因此对魂魄有各种敬畏和与魂魄交流的方式。主要有：“招魂”(有称叫魂、喊魂)，有为生者招魂和为死者招魂两大类。“送魂”，认为人死后，躯体消失了，魂魄依然存在，要通过送魂仪式，将亡灵送到另一个世界与祖先的灵魂相聚共处。“杀魂”，有的亡魂为非作歹，巫师可以看见这种作祟的鬼魂，用法术将其“杀死”。“勾魂”，为了报复仇人，用魔法将其魂勾走，使其生病以至死亡；另一种情况是，为了得到倾心爱慕之人的爱情，自己或请巫师将其魂勾来，与自己结合，使“有情人终成眷属”。“守魂”，亲友死后，要为之守魂，举行各种守魂仪式，使死者的灵魂得以安息，以免四处游荡作祟；将死者的灵魂平安送到彼岸，求得生者的福祉。
农业祭祀是云南民族宗教的基本内容。云南多数民族从事农业生产，各民族都有大同小异的农业祭祀。春耕、夏耘、秋收、冬藏，农业生产的每一个阶段都有各种祭祀。形式不同，目的一致：祈求丰收。
云南各民族保留丰富多彩的图腾崇拜遗迹。宗教最早的表现形式之一是图腾崇拜。云南少数民族中有各种各样的动物图腾崇拜。彝族有虎、牛、羊、鸡等；白族有鸡、龙、蛇、海螺、熊、猴等；纳西族有虎、豹、猴、蛇、鹰等；普米族有熊、虎、蟾蜍等；怒族有虎、熊、蛇、鼠、鸟等；傈僳族有虎、猴、鱼、蛇、蜂、鸟等；傣族有龙、虎、牛、狮等；布朗族有竹鼠、蛙等。植物图腾崇拜同样繁多。彝族有竹、梨等；拉祜族有葫芦等崇拜；德昂族崇拜茶叶、葫芦等。可以说每一个民族都有各种各样的动物、植物崇拜，不胜枚举。图腾崇拜以图腾观念为标志，既是原始宗教的一种形式，又包含氏族社会的某些制度。以图腾作为氏族群体的名称。认为本氏族的祖先与氏族图腾相关的物类之间，有血缘或某种特殊的关系，并信仰这种物类有超自然的神力，能够保护本氏族及其每一个成员。用氏族图腾的形象作为旗帜；将图腾绘画或雕刻在房屋、器物、立柱之上，或以图腾形象作为纹身的图案；它是氏族的标记，具有保护氏族成员抵御敌人的神秘力量。对于与氏族图腾有关的植物、动物、器物，有各种禁忌，氏族成员必须严格遵守。图腾是氏族成员亲缘关系的标志，人们根据同一图腾相互认定为同一氏族成员，具有本氏族成员享有的权利与应尽的义务；同一图腾的氏族成员的男女不得通婚，对保证族外通婚具有重要作用。
祖先崇拜是云南民族宗教的主要内容。每一个民族都认为祖先的亡灵能够护佑儿孙；家家户户祭祀祖先的灵牌灵位；逢年过节祭祀祖先是头等大事；父母去世要请祭司举行盛大的祭奠。
生殖崇拜是云南民族宗教显著特点之一。几乎每个民族都有不同形式的生殖崇拜。云南民族的生殖崇拜显得抽象不够，缺少想像和象征，大多数以类似男女性器官的石头、钟乳石、山、洞穴、洼谷、幽泉等直接作为崇拜对象。有的则磨制、雕刻石头、木头的男根女阴，或陶制的阳具阴户等，公开供奉崇拜。这是人们自身繁衍的渴求。
除彝族有彝经和通晓彝经的毕摩、纳西族有东巴经典与熟知经典的东巴外，大多数少数民族没有成文的宗教经典和专门的经师，主持宗教仪式的多是巫师、祭司，他们靠口耳相传，有一套占卜、驱鬼、除病、求福的技艺。他们不同于胡说八道、欺钱诈物的江湖骗子。他们熟知当地的自然环境，人事关系，有医药知识，懂节气天候，他们用自己的知识和本领为本氏族、本村寨，为自己的乡亲邻里虔诚的禳灾除祸，求福祈吉。他们的预言不能说十分灵验，但没有存心误导，蓄意欺骗，也没有敛财诈物的功利。他们得到本氏族、本村寨成员的信任与尊敬。
从云南少数民族宗教发展的历史来看，云南少数民族宗教逐渐从普化宗教向制度化宗教发展，逐渐从多神信仰向一神信仰发展，佛教、伊斯兰教、天主教、基督教逐渐在少数民族地区渗透，并开始取代本土普化宗教逐渐发展起来。
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