基督教崇奉耶稣为救世主，分为许多派系，有罗马公教(在中国亦称天主教)、新教(在中国亦称基督教或耶稣教)、正教(亦称东正教)三大派系和
其他一些较小的派系。在中国，基督教专指新教。
1865年英国传教士詹姆斯·哈德逊·泰勒(汉名戴德生)在伦敦成立到中国传教的组织“中国内地会”，他们的目的是到中国内地开展“拓荒”运动，即向中国内地和少数民族地区派遣传教士传布基督教。在中国内地会的组织和支持下，传教士们向中国内地，特别是中国西南地区进发。传教士们急于开恳云南这块“处女地”，他们从四川、贵州南下、西进，从缅甸东拓，游弋在云南的东西两面，试图进入云南传教。这时发生了震惊中外的“马嘉理事件”，英国政府下令禁止传教士由缅甸进入中国。打算从缅甸进入云南的几个传教士只好丧气而归。
1877年中国内地会英国传教士约翰·麦嘉底由上海沿长江而上，经四川巴县等地进入云南，再穿越云南西部边境到达缅甸的八莫。虽然他在云南的旅途中没有从事传教活动，但他却搜集了许多重要资料，初步了解云南的山川地理、风土人情、政治经济等情况，为教会在云南传教提供了具体、翔实、可靠的情报。他本人也开始致力于云南少数民族地区的传教活动，成为最早在云南从事传教的著名人物和宗教活动家。
1880年，英国政府取消禁止传教士从缅甸进入云南传教的禁令。第二年中国内地会英国传教士乔治·克拉克夫妇二人从上海出发，绕道缅甸进入云南。经腾冲、保山到达滇西重镇大理。他们租用民房设堂传教，建立了云南第一个基督教会。1882年大理教会派人到昆明设立教堂传教。滇东北的昭通等地相继建立教堂开办教会。当时的传教士主要在城镇活动，城镇里有深厚的中国传统文化，面对西方宗教，多持观望怀疑的态度，应者寥若晨星。
1904年长期在滇东北传教的循道公会英国传教士伯格理深入到苗族聚居的山区传教，深得苗族民众信服，信奉者景从。伯格理的成功产生重大影响。昆明的中国内地会传教士也采取同样办法，派传教士到滇东北苗族地区传布基督教，开辟教区，基督教在苗族地区获得较大发展，基督教在云南扎下根，开始向各少数民族地区传播，进而影响到城镇。到20世纪40年代末，云南绝大多数的城镇都有基督教的教会、教堂、教徒。较为集中的是：滇东北苗族地区，其中心在贵州威宁县石门坎。自伯格理在昭通设立“西南教区办事处”以后，基督教在昭通和贵州威宁等地发展迅速，最多时有一百多个教堂，信徒二万余人，开办了许多教会学校，增加了医疗卫生设施。滇北苗族彝族地区；以武定和绿劝两县为中心。1906年由内地会英籍澳大利亚传教士郭秀峰在武定洒普山建立传教据点。1923年设立“基督教内地会滇北六族联合会”。按照民族和地区分设武定县洒普山苗族总堂、滔古傈僳族总堂、阿古米干彝族总堂、老把傣族总堂、绿劝撒老坞里彝族总堂、寻甸新哨彝族总堂。到20世纪50年代初，有教堂约二百座，信徒数万。滇西北傈僳族、怒族地区：以怒江大峡谷为中心，教堂一百余所，教徒数万人。滇西景颇族地区：在德宏的盈江、陇川、瑞丽德景颇族地区传播。1907年缅甸传教士德毛冬在瑞丽县等嘎乡设堂传教为开端，发展颇快，20世纪50年代已有教徒数万人，教堂数十所。滇西南拉祜族、佤族、哈尼族地区：以澜沧、双江、墨江等县为基地。20世纪30年代开始发展起来，到50年代初，教堂数百所，信徒数万人。
基督教在云南主要分布在山区、半山区交通不便、经济贫困、文化落后的少数民族地区。信徒绝大多数是少数民族，主要有苗族、彝族、怒族、景颇族、拉祜族、佤族、哈尼族。汉族有深厚的传统文化和佛教崇奉，傣族亦有信仰巴利语经典系佛教的长远历史，藏族地区藏语经典系佛教根深蒂固，所以这些地区基督教很难立足，信奉者不乏，为数却不多。
在云南传教的基督教派繁多而难于细说。主要有内地会、循道公会、浸会、五旬节派教会、安息日会五大教派。由于各教派在云南传教的范围不断扩大，各教派会时常发生摩擦和冲突。为协调相互间的关系，1921年内地会、循道公会、浸会、五旬节派教会、青年会五大教派组织在昆明联合成立“昆明基督教联合会”。联合会章程规定，凡不属于联合会成员的教会组织，不经联合会同意，不得随便在云南传教。五大教会组织达成协议，滇西和滇中地区为内地会传教范围，滇东地区为循道公会传教范围，滇越铁路沿线为五旬节会传教范围，昆明、大理、曲靖为圣公会传教范围，青年会可以在全云南省范围活动但不能直接接受信徒，只能把信徒介绍给其他四个教会施洗入教，而这四个教会必须协助青年会征募会员筹集捐款。20世纪40年代美国在华势力大大超过英国势力，西南地区教会基本上由美国教会势力控制。以英国势力为靠山的昆明基督教联合会的作用日益削弱，最终宣告瓦解。
随着基督教的传入，基督教的经典《圣经》也传入云南。到20世纪50年代西方传教士在云南翻译发行了各种民族文字的《圣经》。如傣语的《马太福音》(1922年)，罗马字母拼写的景颇文《洛加、约翰使徒行传》(1907年)，彝语《路加福音》(1923年)、《使徒行传》(1926年)各一本；《新约全书》(1948年)，东傈僳语《圣经》(1912年)、《新约全书》(1951年)，西傈僳语《圣经》(1912年)、《新约全书》(1938年)，拉祜语《马太福音》(1924)，纳西语《马太福音》(1932年)，苗语《马太福音》(1912年)、《约翰福音》(1913年)，佤语《圣经》，哈尼语《路加福音》(1939年)等。《圣经》不仅是一部宗教经典，也是一部哲学、历史、文学、伦理、法律等方面的著作，它的传播对于推动云南山区、半山区文化的发展不无益处。不能因其是西方宗教经典而当做精神鸦片全盘否定。
基督教的戒律沿用犹太教十条，亦称“十戒”或“摩西十戒”。在《圣经》中，摩西十戒分教理和伦理两部分。教理是基础，伦理为附加。西方传教士在云南少数民族地区传教，针对当地的陋俗和不良风气在摩西十戒之外又作出许多规定，形成戒律之外的禁忌。如在澜沧地区的拉祜族、佤族中推行的“十戒”为：听父母的话，一夫一妻制，不偷人，不饮酒，不吸大烟(鸦片)，要亲爱，不杀人，不淫，不赌钱，不信鬼而服从耶稣。怒江傈僳族的“十戒”是：不饮酒，不吸烟，不打架，不赌博，不唱调子，不跳舞，不吃用血制成的食品，星期天不杀生，礼拜天不劳作，一夫一妻制，讲究卫生。少数民族信教后都能自觉严守教规，认真履行戒律，不违反禁忌。基督教传教士推行的戒律与禁忌，有的是对于当地的民族文化的摧残，如不准唱歌跳舞等；但有的对改变当地的陈规陋习，养成良好的卫生习惯，提高文化修养和思想素质不无好处。
基督教在云南传教经常以医疗卫生为手段接近当地民众，建立好感，进而取得信任，吸收入教。传教士每到一地，先为人看病，给药治疗，建立医院。当条件成熟即开办学校，传播基督教文化。建医院、办学校是基督教在云南最主要的社会事业。他们还为没有文字的少数民族创制罗马拼音文字，如苗文、景颇文、景颇载瓦文、傈僳文、拉祜文、佤文、独龙文等。医院的建立和学校的兴办对改善云南医疗保健水平，发展现代科学医疗事业不无推动促进。兴办学校，传播西方宗教和文化自然有负面影响，但对中西文化交流，丰富云南文化知识也有一定积极作用。
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