明洪武十四年(公元1381年)，朱元璋任命傅友德为征南
将军，蓝玉、沐英为左右副将军，帅师征云南。经两年征战招抚，明军占领云南各地。洪武十六年(公元1383年)召征南师还，留沐英镇守云南。
洪武十五年(公元1383年)春，改行省为云南等处承宣布政使司，领诸府州县；设置都指挥使司，领诸卫所；设置提刑按察使司，分巡安普、金仓、临元、洱海四道，并察诸府州县司卫所；并称“三司”。
明代以罗罗司、乌撒、乌蒙诸部改隶四川，以普安、水西诸地改隶贵州，云南布政司的境界是：“北至永宁与四川界，东至富州与广西界，西至干崖与西番界，南至木邦(宁远)与交趾界。”[1]此说不完全准确。在永乐时期，明朝在滇西南地区设有孟养、木邦、缅甸、底兀拉、古剌、底撒马、八百、老挝等八宣慰司，孟密、蛮莫二宣抚司，孟艮府、宁远州等政区，包有今日缅甸北部、泰国北部(景迈地区)、老挝北部(拉勃朗邦地区)、越南西北部(莱州)诸地。自十六世纪西方资本主义势力侵入中印半岛以后，扶植洞吾，挑动战争，蚕食云南边境。至万历年间，仅只保有孟养、木邦、孟密、蛮莫之地，而且不能稳定。
明代云南的行政区划，在洪武年间，领府五十八、州七十五、县五十五、蛮部六。后来，领府十九、御夷府二、州四十、御夷州三、县三十、宣慰司八、宣抚司四、安抚司五、长官司三十三、御夷长官司二。
明代在省以下设“道”，道是三司的派出机构。在地方也是三职分离，相互制约。承宣布政使司设分守道，有安普道、临元道、金沧道、洱海道。提刑按使察使司，分巡安普道、临元道、金沧道、洱海道。都指挥使司下设临元兵备道、澜沧兵备道、金腾兵备道、曲靖兵备道。
与全国一样，云南也普遍设置卫所。云南的卫所时有增设或改易，云南都指挥使司的数目大抵是洪武年间设十六处，正统以后增为二十五处，嘉靖以后为三十六处，万历年间增为四十处。
明代卫所军屯有一套完整的制度。其特点是：1.有固定戍所；2.军士皆有家室；3.军户世代为军，既入军籍，不许改变，更不许逃亡；4.军户屯田自给。在这种制度下，大量的军户定居下来，对云南社会经济产生了巨大影响。首先是改变了云南的居民成分。明代云南都指挥使司约有133个千户所，每千户所领的官兵是1120人，如果每千户所的官兵都是足额，则驻云南的卫所官兵当有148960户。明代云南万历年间的户口为471048户，其中军户有335426户，占71%强。由于设置卫所，安置军屯，从内地迁来大量汉人，改变了云南“夷多汉少”的状况。军民交错，也就是夷汉相间，促进了民族融合。其次是促进了社会生产的发展。卫所军屯带来了先进的生产技术，开辟田亩，扩大了种植面积，提高了生产水平。更为重要的是逐步摧毁了落后的土官政权。明代中叶以后，陆续改土归流，土官体制走向衰微。卫所制度从经济和政治上，使自汉代以来云南的郡县制度从根本上得到巩固。
注解：
[1] 《明史·地理志》。
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