清顺治十五年(公元1658年)，清军由吴三桂、铎尼、赵
布泰等人率领，从四川、贵州、广西三路入滇，永历帝败走。各地土司全部归附。清军入滇后，即改云南的布政司为云南省，设巡抚，同时设云贵总督在云南贵州两省互驻。
清代云南的疆域，“东至广西泗城七百五十里，南至交趾界七百五里，北至四川会里四百里，西至天马关接缅甸界二千三百一十里。”[1]清雍正五年(公元1727年)将乌蒙等地归属云南。其西南边界，清代初年只守明朝万历年间所筑八关。乾隆年间曾恢复孟拱、木邦、孟育、大山、孟艮、整卖、景线诸土司地。后来也不能过问，但缅甸、老挝、暹罗、安南仍为向中国朝贡的藩属之国。清末，英法帝国主义入侵中印半岛，缅甸、老挝、越南先后沦为殖民地。中法交涉界务，割去临安边境的孟赖、孟梭、孟蚌等地和普洱边境的孟乌、乌得等地。中英交涉界务，割去潞江以东之阿佤山、户板、麻栗坝等地。至于尖高山以北，高黎贡山以西大片土地，虽未议定界线，一任英帝国主义侵入而未过问。明代永乐时期云南西南的边界，自十六世纪以后，由于西方殖民势力的侵入，日益退缩，到清末达到顶点，几乎失去大半土地。
清代云南的行政区划，多依明代旧制而时有改易。到清代末年，“领府十四，直隶厅六、直隶州三、厅十二、州二十六、县四十一。又土府一、土州三、土司十八。”[2]
清代云南设司道，有提学使、布政使、按察使、盐法道、粮储道等。分辖府州，条陈纠劾；各守职掌，相互制约。清代云南省以下分设迤西、迤东、迤南三道。迤西道，驻永昌城(今保山)，领永昌府、顺宁府、景东府(后改直隶厅)、楚雄府、姚安府(后并入楚雄府)、大理府、蒙化府(后改直隶厅)、丽江府、鹤庆府(后并入丽江府)、北胜府(后改为永北直隶厅)。迤东道，驻寻甸城，领曲靖府、广西府(后改直隶州)、广南府、开化府、溦江府、昭通府、东川府。迤南道，驻普洱城，领普洱府、镇源府(后改直隶州)、元江府(后改直隶州)、临安府。粮储道，驻会城，领云南府、武定府(后改直隶厅)。
为对付日益严重的帝国主义的侵略和界务、商务交涉，光绪十三年(公元1885年)，增设临安开广兵备道，驻蒙自，领临安、开化、广南三府。
清代绿营兵制，设镇、协、营于各地驻守，有事调遣，事毕返回防区。绿营兵分防布置，防区称为汛地，委派千总、把总领兵驻守，盘诘往来行人，维持道路畅通无虞。汛有固定防区，又分设许多塘房关哨，所有州县境内，普遍设立。清代汛塘制度有利于巩固封建统治，对于开发山区，促进云南经济发展有重要作用，推动了云南郡县制度的发展与巩固，有利于保卫边疆和祖国统一。
注解：
[1] 《清史稿·地理志》。
[2] 《清史稿·地理志》。
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