明清之际，云南经济有了长足发展，特别是云南内地经济较发达的地区，发展速度基本上赶上了我国内地，在一些行业，如采矿、制茶、马帮运输等开始出现涓细的资本主义溪流。
明清时，云南的采矿业是发展最快
的行业，这时朝廷大量鼓铸钱币，需铜银甚急，云南是当时最大的矿产地，金银铜锡铁等矿遍布全省各地，明代云南的铜银产量居全国首位。东川铜矿最为著名，明清时产量之丰，含量之纯，位列全国之首。清代乾隆年间，每年运京铜达七百多万斤，时称“京铜”，几乎供应当时大半个中国，作为鼓铸铜钱、制造器皿之用。除铜之外，银也是云南一大矿产，天顺二年(公元1458年)，云南全年上缴银锞10万两，占全国银锞总数二分之一强。锡矿则以临安、蒙自、个旧规模最大。明清时期，云南的矿业起初主要是官方垄断式经营，明代曾调集大量的卫所兵士开采铜矿，开采运销完全由官方垄断。清代雍正、乾隆时，是东川铜矿开采的极盛时期，清朝政府“遂由滇委道府，总理其事，招集商民开采，先发资本，后收所出之铜作抵。”这就是清代实行的“放本收铜”政策，采用官督商办的方式经营。康熙年间在云南实施“听民开采而官收其税”商办采矿的政策，从而使云南的矿产业由官方垄断经营，发展到官督商办、完全商办，极大地刺激了民间办矿的积极性，于是全国三江、两湖、川、广的富商大贾，以他们厚积资本纷纷来到云南各地矿山，投资开矿、冶炼并兼营贸易，称为矿客和炉客。“客”即是商人，商业资本渗入矿冶业，使云南的矿冶业逐渐成为商业资本支持下进行商品生产的资本主义性质的生产部门。
同时，在遍布云南的矿厂中，开始采用资本主义的方式进行生产。其复杂的生产过程包括采掘、运输、通风、排水、选炼等，均已趋于专业化，反映矿冶生产力发展的新水平和新的生产方式的孕育。并且产生了投资矿冶业并兼营产品贸易而获取利润的“厂客”、“炉客”之类靠资本进行剥削的资本家和在矿冶业生产各部门中脱离具体劳动的硐头、客长、炉长、炭长管理者，以及来自两湖、江浙、蜀、陕、黔、滇等广大地区的砂丁、坑户之类的一般工人。这种由厂客、炉客投资，豢养管事、领班监督砂丁、坑户进行生产，以雇佣和“分卖”给酬，剥削广大砂丁、坑户的剩余劳动的生产方式，已经具有资本主义因素。明清之际，云南的矿冶业中资本主义生产方式已有一定的规模，矿厂大者动辄数十万人，小者也不下数万人。
云南的茶叶生产部门商业资本也渗透进来。乾隆年间起，就有石屏商人在易武开设茶庄，经营茶叶生意，他们每年用粮食、盐巴、白银贷给当地的少数民族茶农作为垫本，次年春茶上市，按贷给银粮数收购茶叶，然后雇佣制茶工人加工制成各色茶，运销国内外。这种生产方式已经具有资本主义生产的一些因素了。清代云南茶叶生产不断扩大，外国帝国主义也试图插手云南茶叶的生产和经销，光绪十一年(公元1885年)，法国侵占越南、老挝、柬埔寨之后，强迫清政府将思茅辟为通商口岸，于1903年在思茅建立海关和租界，并在勐腊、易武、江城设立分关，控制茶叶及其他土特产的进出口，从此，西双版纳的茶叶贸易开始由封建的商品生产和商品贸易逐步走向资本主义的商品经营。
随着采矿业和茶叶生产的发展，为运送矿产品和茶叶等土特产品，云南的运输业迅速地得到发展。云南的运输业以马帮运输为特点，主要运送出省的铜银锡铅矿产品及盐、茶等，马帮大者拥有上千匹骡马，小者几十、上百匹骡马。云南的大多数马帮由商业资本投资和经营，形成了马帮与商帮相结合的趋势。清代后期，云南各地形成了一些规模较大的商帮，著名的有鹤庆商帮、腾越商帮、喜州商帮、玉溪商帮、昭通商帮，等等，这些大的商业集团或自己拥有规模较大的马帮，或每年雇佣数以千计的大马帮为他们驮运货物。各大马帮的首领称“大锅头”，有的“大锅头”自己拥有雄厚的资金，本身就是商人，他们包揽驮运，每次运输可获利银元数千至数万元。大锅头往往雇佣贫苦的农民为他们赶马，许多丧失了土地的农民成为了马帮大锅头的雇佣劳动者，云南滇中流行着一句话：“穷走夷方急走厂。”所谓的走厂，便是到矿山去做矿工；所谓的走夷方就受雇于马帮，到瘴疠横行的边区去赶马做生意。由此在马帮的经营中形成了大锅头既是马帮的垄断者又是商人资本家，而贫苦的赶马人则是被雇佣的受剥削者，资本主义的经营和生产方式在云南马帮业中开始萌芽，这是云南马帮运输业在商品流通过程中形成的一种特殊现象。清代后期，云南的马帮运输业急剧发展，形成了滇西、滇东、滇西北、滇南四大马帮运输干线，每条干线上常年都有几万匹骡马运送矿产、茶叶和土特产品出省，运入棉纱、布匹、百货等。具有资本主义生产经营方式的马帮运输业，成为云南增长最快的行业，是云南经济发展的典型代表。
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