清康熙元年(公元1662年)清廷依靠吴三桂终于灭掉了南明朝廷的最后一个政权永历政权，使滇
云之域作为清朝廷最后在西南地区所取得的一块肥沃之地，最终纳入到清王朝版图中。此后直到康熙二十年(公元1681年)吴三桂割据云南的近20年间，云南的学校教育和科举一直处于不正常的状况中。吴三桂曾经以“云南新辟，事务减少”为理由，请求让各地的府州县官兼任当地的各级儒学教职，康熙五年(公元1666年)朝廷又裁减云南教职21人，云南全省共设府、卫教授18人，州学学正23人，县学教谕9人、训导15人。这说明当时云南全省的学校同明末相比已出现普遍的萎缩。科考日期也是因贡院未修、学臣未到等各种原因而一延再延，乡试名额被削减，康熙二年(公元1663年)举行云南乡试，共取举人柳志沈等32人，成进士者只有2人，科举之形势已明显大不如前。
康熙二十年十一月，清军攻占昆明，吴三桂之孙吴世璠自杀，“三藩之乱”的平息，消除了吴三桂在云南的根植势力，清朝最终确立了对云南的全面统治，一切政治、经济、文教政策重新设立和实施，滇云的文治教育也在这种政治稳定的大环境下得到复苏。康熙二十三年(公元1648年)总督蔡毓荣奏准朝廷，将原吴三桂的改建为昆明县庙学学宫，以吴三桂的府邸建学宫向全省发出了文教亟待复兴的信号，也是历年兵乱后云南重建儒学的开端。荒废已久的学校教育百废待兴，一方面由于全省各级儒学重建，恢复设立专职学官，朝廷批准云南愿意就任教职的举人只要通过本省的考试便可由吏部受职，以满足云南对教职人员的迫切需求。另一方面，在康熙四十年(公元1701年)朝廷派翰林院侍讲王之枢提督云南学政，这是清代云南学政的第一位翰林院讲官，一来加大云南学校教育重建力度。再者增加各级儒学的入学生员名额以及云南乡试名额。康熙三十一年(公元1692年)云南马龙州、宁州、呈贡三地儒学各取进儒童12名，师宗、定边、元谋三地各取进8名。康熙三十五年(公元1696年)朝廷批准增加云南文武乡试解额15名，两年后又增加3名，共取45名。以后不断增多。到康熙三十三年(公元1694年)已在云南的曲靖、澄江、广西、元江、开化、顺宁、武定、景东8府恢复建立了儒学，又在宜良、寻甸、建水、新兴、剑川等17个州县恢复建立儒学，各增加儒学训导一员，增加童生入学额8名。在这股兴学建校的浪潮中，云贵总督蔡毓荣和云南巡抚王继文为学校的兴办做了许多切切实实的事情，功不可没。清代云南的教育在复苏中得到发展，特别在康熙、雍正年间的改土归流后，云南的学校教育获得了长足的发展，一些在明代由土司把持尚未设学的地区，在改土归流完成后也先后设立了学校，如康熙六年(公元1667年)朝廷将原临安府所属的教化、王弄、安南3个长官司地区新设为开化府，革除土官，设立流官，并建立儒学，是清代首次在少数民族地区设立的学校。康熙三十九年(公元1700年)在丽江府改流后设立丽江府学宫，康熙四十二年(公元1703年)在东川府改流后设立东川府学，同样在昭通府改流后于雍正六年(公元1728年)设立昭通府学。此外，乾隆二十四年(公元1759年)建中甸厅学宫，以后缅宁厅、龙陵厅、维西厅、安平厅等滇西北、滇西南边区兴建了学校。清代在明代设学的基础上又新建儒学27所，使滇云学校由明代的六十余所发展到清代的一百余所，而且呈现由腹里地区向边区、由坝区向山区和少数民族聚居区扩散的趋势。据《新纂云南通志·学制考》载：清代云南学额总计5413人，其中廪生1295人、增生2069人、附生2049人。又据《新纂云南通志·历年贡举》载：清代云南共取文武举人9906人、进士808人、还有144人被赐为进士、举人。这些数据反映出清代云南的教育，无论在设学的范围、数量，还是在入学生员以及科举取举人、进士人数的多寡上都比明代有了突飞猛进的发展。到光绪二十九年(公元1903年)云南举行最后一科文乡试时，有中试者周钟岳等66人。石屏人袁嘉谷在北京参加经济特科考试，获第一名，终明清两代，历500年沧桑，终于有云南人在最后一科乡试中得到状元之头衔，这是多少滇云莘莘学子寒窗苦读梦寐以求的，足以让滇云人士引以为荣，这不能不说是云南几百年教育发展的结果，难怪当时的滇督魏午庄要特书“大魁天下”四字以表示祝贺和纪念。培育出一个状元并不是清代云南教育中惟一能令人自豪的事，其实，清代云南教育还取得过许多令人瞩目的成就，它们又掀开了云南教育史上辉煌的一页。
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