自然科学教材编辑部（以下简称自然部）组建于2000年7月，由原来的数学编辑室、物理编辑室、生化编辑室整合而成。编辑部现有编辑人员13名，其中编审3名、副编审1名、编辑4名、助理编辑5名，理学硕士9名，理学学士4名。
自然部主要承担中小学数学、物理、化学、生物、体育、
通用技术、科学、信息技术等学科的教材教辅以及配套音像教材、课件编译工作和自然科学类、科普类读物以及工具书的编辑加工任务。迄今为止，已完成近10种版本的小学、初中和高中自然科学类教科书及教辅的编译工作。此外还完成了《研究性学习指导》、《劳动技术》等地方教材、校本教材、教育教学图书、教学辅助用书和相关课件的编译工作以及教学用多文种工具书的编辑出版任务。
自然部在编译自然科学类教材的同时，还圆满完成了国家《十五》规划重点图书
——《汉英蒙对照科学技术名词术语系列词典》的编纂出版工作。该系列词典包括《数学名词术语》、《物理学名词术语》、《生物学名词术语》、《化学名词术语》、《计算机科技名词术语》和《生态学名词术语》等6个分卷。此系列词典不仅仅是教学用工具书，而且在蒙古文自然科学类名词术语的规范、统一使用中发挥着重要作用。自然部所完成的义务教育小学和初中数学、物理、生物学等学科的教科书曾荣获教育部全国中小学少数民族文字优秀教材一、二、三等奖；《21世纪小小百科全书》（共4卷）、《汉蒙对照自然科学名词术语词典
—— 生物学》等8部图书荣获“内蒙古图书奖”；《汉蒙对照自然科学名词术语词典 ——
生物学》还荣获中国出版协会教育图书研究会“全国第三届优秀图书奖”；《科学故事系列丛书》（30册）、《科学家启迪丛书》、《少年儿童知识宝库》等60多种图书在华北地区教育图书评奖中荣获优秀图书一、二、三等奖或优秀校对奖；《仙人掌》一书在华北地区教育图书评奖中荣获特等奖，为我社赢得了荣誉。
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